三重県南部に、専門家たちが「見えないものが見える川」と呼ぶ“奇跡の川”がある。全長わずか１７kmの小さな川、銚子川。理由はその透明度だ。源流から河口まで、水中で２０メートル先まで見通せるほど透き通っている。そのため銚子川では、普通の川では濁って見ることのできない現象や、生き物たちの生態が手に取るように見ることができる。
河口付近に潜ると、水の中にもう一つ水面が現れたように見える現象に出会う。比重の違う淡水と海水が見せる境界面だ。そこでは，海からやってきた魚の子どもが、その境界を超え川の魚へと変貌する瞬間、そして、川魚と海の魚による、食うか食われるかの攻防も繰り広げられる。これらは皆、全てが透明な銚子川だから見られる現象だ。
なぜ銚子川は、透明な水を保つことができるのか。調べていくと、わたしたちには見えていない、「地下のもう一つの川」の存在が見えてくる。川の水は地下と地上を行き来しながら、汚れを浄化していたのだ。“地下の川”からは新種の生物も発見された。
一年間に渡り、銚子川の美しさの謎にせまることで、本来の自然のままの川とはどんなものなのか、その姿を明らかにする。