巨大都市・東京に、ぽっかりと残された緑の秘境、明治神宮の森。神域として立ち入りが禁止され、１００年にわたって守られてきた。実は、この森には、世界でも例を見ない秘密が隠されている。それは都市に広がる“人工の原生林“ということ。３人の天才林学者が、１０万本の樹木を使い、１００年以上かけて原始の森を完成させるという壮大な大実験を始めたのだ。それから一世紀、高層ビルのなかに、日本のどこにもない不思議な森ができあがることになった。
この森の全貌を解明しようと、のべ１４０人もの植物学や動物学の研究者が集結し、初めて生物多様性の調査が行われた。一本一本の樹木まで測定する詳細な調査の結果は、驚きの連続だった。調査によって哺乳類のタヌキから生態系の頂点に君臨するオオタカ、小さな粘菌まで３０００種近い動植物が記録され、森は命あふれる世界であることが確認された。
番組では、この学術調査に独占的に密着。その詳細な記録から１００年にわたる壮大な森作りの大実験の結末を、特殊撮影を駆使して捉えた神秘的な映像とＣＧで描き出していく。