食中毒を引き起こす原因は、細菌、ウイルス、寄生虫、自然毒、化学物質などです。細菌、ウイルスなどの微生物による食中毒はしばしば発生しています。細菌による食中毒で発生件数が最も多いのがカンピロバクターで、肉類、特に鶏肉から感染します。そのほか、卵や鶏肉から感染するサルモネラ、私たちの手から汚染してしまう黄色ブドウ球菌、主に牛肉（やその内臓）から感染する腸管出血性大腸菌、魚介類についている腸炎ビブリオなどがあります。