口内炎を治すには、その原因を見極め、原因となるものを除去します。原因が特定できない場合は、対症療法を行います。

入れ歯や矯正器具など物理的刺激が原因の場合は、口の中とあたらないように、器具の調整を行います。

カンジダ菌による口内炎には、抗真菌薬を処方します。対症療法を併用する場合、ステロイドが入っている薬は、カンジダ菌が原因の口内炎の症状を悪化させる危険性があるため、使えません。

アレルギーによる口内炎では、入れ歯や歯のかぶせものの金属が原因の場合が多いので、金属を使用しない器具に変えます。

原因が特定できない口内炎の場合は、対症療法として、痛みや炎症を和らげたり、患部をカバーしたりするための薬を使います（写真1）。患部に直接貼り付ける貼付剤は、食べ物による刺激を防ぐもので、ステロイドを含むものと含まないものがあります。軟こうは、患部が複数ある場合に使われ、貼付剤と同じように、ステロイドを含むものと含まないものがあります。薬をふきつけて使用する噴霧剤にはステロイドが含まれ、指で塗りにくい部分に炎症があるような場合に使われます。また、消炎剤や殺菌剤入りのトローチもあり、他の薬と併用されて、口の中を清潔に保ちます。
こうした薬は、原因が特定できる場合でも、症状を緩和させるために使用することがあります。