まず、「本当ですか？」がこのように使われるようになった背景について考えてみます。
互いに親しい間柄（対等な関係）では、次のような会話が成り立ちます。

Ａ（対等）　：あの番組、おもしろかったよ。
Ｂ（あなた）：本当？

この場合の「本当？」には、親しい相手に対して軽い驚きとともに、うれしさを表すような効果があります。
ここで、「Ａ」が目上の人だったとしたら、どうなるでしょうか。

Ａ（目上）　：あの番組、おもしろかったよ。
Ｂ（あなた）：本当ですか？

これは、きちんと「ですます体」の文を使っており、文法的には問題のないやりとりです。しかし、日本語を話す人たちの培ってきた文化として、このような場面では（実際には相手との関係の深さにもよるのですが）「本当ですか？」という返答はしないものとされてきたのです。「～ですか？」には「疑念」を表明する効果があり、この場合に軽い気持で「本当ですか？」と言ってしまうと、「Ａ」の人は「自分がほめてやっているのに、そのことばが信じられないのか」というように感じることがあります。

せっかく相手に敬意を表そうとしているのに、それが逆に解釈されたら意味がないですよね。親しい間柄どうしでふだん使っていることばをそのまま「ですます体」に直した「タメグチの単純デスマス体変換」は、必ずしも「正しい敬語表現」にはなりえません。

敬語の使い方は変化しつつあり、「本当ですか？」の位置づけも今後変わってくるかもしれませんが、現時点ではまだ要注意の表現だと言えます。