乱太郎（らんたろう）の父ちゃんが腰を痛めてしまった。乱太郎は父ちゃんから、代わりに忍者の仕事をやってほしいと頼まれる。どこかの城に密書を運ぶ仕事なのか、悪者からお姫様を守る仕事なのか・・・乱太郎はドキドキしながら雇い先へと向かう。

乱太郎（らんたろう）・きり丸・しんべヱは、第三協栄丸（だいさんきょうえいまる）さんのところで舟釣りを楽しんでいた。うららかな春の陽気に居眠りしてしまった三人。きり丸が目を覚ますと、舟はいつのまにか見知らぬ浜に流れ着いていた・・・。

しんベヱのパパが、貴重なコショウをドクタケ忍者に奪われた！たまたまパパのところに来ていた乱太郎（らんたろう）・きり丸・しんベヱは、コショウを取り戻そうと追いかける。走るのが遅いしんべヱは二人に取り残されてしまうが、そこへドクタケが・・・。

くの一教室のユキ・トモミ・シゲは、誤って、忍術学園の大事な金びょうぶを壊してしまった。しかも、それを牧之介（まきのすけ）に見られてしまったから、さあ、大変！牧之介は、「学園長に言いつけてやる」と三人を困らせる。

学園長（がくえんちょう）先生は、ヘムヘムとの散歩の途中、野原に桜の木立を見つけ、学級委員長委員会だけで秘密のお花見をすることを思いつく。ところが、お花見にちょうど良いその野原を見つけたのは、学園長先生だけではなかった・・・。