四年生・一年生合同チームのリーダーの孫次郎（まごじろう）は、困った時に読むように言われた密書を開けてみることにする。そこには、「忍術学園の看板のことはテントウ虫に聞け」という不可解な文が書かれていた。

看板事件の真犯人をいろいろと推理する乱太郎（らんたろう）たち。看板事件を仕掛けたのは、もしかしてあの人ではないかと、忍たまたちはその人物のところに詰めかける。果たして看板事件の真相とは！？

ドクササコ城が、忍術学園に忍者を送り込もうとしているという情報が入った。六年生と三年生は、学園内をパトロールすることに。そんな時、伊作（いさく）先輩の前に、なぞの覆面（ふくめん）の忍者が現れて・・・。

覆面（ふくめん）の忍者は、豆乳の支払いの督促状（とくそくじょう）を持っていた。だが、誰が豆乳を注文したのかが分からない。豆乳を買いそうなあの人は、自分ではないと言い張っているらしい。一方、立花（たちばな）先輩は、裏山でくせ者と戦っていた。

土井（どい）先生の代わりに、家賃を払いに行ったきり丸たち。大家さんと隣のおばちゃんに土井先生は忍者ではないかと疑われ、ビックリしてしまう。あわててごまかすものの、大家さんたちの疑いの目つきは、なかなか元に戻らなくて・・・。

学園長先生のサインを求めて、たくさんの忍者が忍術学園に詰めかけた！学園長先生は友人の竜王丸（りゅうおうまる）さんと互いの良いうわさを流し、自分たちの人気が出るよう仕組んでいたのだ。だがその頃、竜王丸さんの家では・・・。

ベニタケ城の細井万丸（ほそいまんまる）が、忍術学園にやって来た。優秀な忍たまをスカウトしに来たのだ。ところが万丸は、生徒たちよりも、学園を案内してくれた事務の小松田（こまつだ）さんのほうを気に入ってしまう。

寝不足の三治郎（さんじろう）は、剣術の授業中にぼんやりしていて、戸部（とべ）先生から注意されてしまう。戸部先生は剣術が得意な金吾（きんご）に、放課後、三治郎に剣術を教えるように言うのだが・・・。

ぬり薬の包みを持って歩いていた伊作（いさく）先輩と乱太郎（らんたろう）は、おじいさんとぶつかったことで、荷物が入れかわってしまう。「なんという不運・・・」と嘆く二人に、食満（けま）先輩は、同室のよしみで手助けすると申し出る。

一年は組の授業で、裏々山の峠（とうげ）までのサバイバル競走が行われることになった。それぞれが選んだルートで、ゴールを目指す忍たまたち。乱太郎（らんたろう）としんベヱは、きり丸の提案で、森を通って峠に向かうことにしたが・・・。