くの一教室では、敵から身を隠す術、「隠形（おんぎょう）の術」のテストを行うことになった。ユキ・トモミ・シゲは、隠れる途中で言い争いを始め、山本（やまもと）シナ先生に怒られてしまう。不合格になり、居残り練習をすることになった三人は・・・。

穴掘り名人の綾部（あやべ）先輩は、大切な穴掘り道具である「踏（ふみ）すき」の刃を研ぎ直してもらった。「これでまた、思う存分落とし穴が掘れる」と上機嫌な綾部先輩に、そこらじゅうに落とし穴ができると困ると思った乱太郎（らんたろう）たちは・・・。

きり丸は、ドケチな性格のせいで、実技の授業中にマキビシをたくさんまくことができない。豪快にまくことができるしんべヱを見て、きり丸は、「大量のマキビシがまけない自分が情けない。ドケチは忍者に向かないのでは・・・」と落ち込んでしまう。

学園長先生から、密書を届けるように頼まれた立花（たちばな）先輩。密書を隠し、変装をして関所を通ろうとしていた立花先輩のところに、しんベヱと喜三太（きさんた）が現れる。ところが、二人はなぜかいつものように声をかけてこない・・・。

ちょっと疲れ気味だった日向（ひなた）先生は、校医の新野（にいの）先生から温泉に行くことをすすめられた。日向先生が、「温泉、温泉・・・」とつぶやきながら歩いていると、自分も温泉に行きたいという先生たちが次々に現れて・・・。

いつも迷惑な突然の思いつきをしては、みんなを困らせている学園長先生。今回も、学園長先生はあることを思いついたと、山田（やまだ）先生と土井（どい）先生のところへやって来たのだが、肝心の何を思いついたかを忘れてしまう。

安藤（あんどう）先生の娘が、忍術学園にやって来た。町で買い物をしていた時に、遠い親戚だと名乗る貴族に声をかけられ、安藤先生に会って話がしたいと相談されたというのだ。貴族に学園長と間違えられたと知って、安藤先生はすっかり上機嫌になる。

剣術師範（けんじゅつしはん）の戸部（とべ）先生は、「剣の道を極めるには、人の心が読めなければならぬ」と、修行を重ねていた。そんな戸部先生の体を心配した食堂のおばちゃんは、たまには剣のことを忘れてはどうかと提案するが・・・。

一年ろ組の平太（へいた）は、放課後、斜堂（しゃどう）先生の補習授業を受けることになった。明るいところが苦手な斜堂先生は、日がさし混む教室を避け、授業する場所を探して、どんどん日の当たらない所へ向かう。ビビリの平太は、すっかり怖がってしまい・・・。

ドクタケ忍者の雪鬼（せっき）と雲鬼（うんき）は、城主の竹高（たけたか）が自分たちよりも張り子の馬をかわいがっていることを不満に思っていた。ある夜、二人が殿様の寝室の前で見張りをしている時に、くせ者が侵入し、張り子の馬が盗まれてしまう。