金貸しの抜天坊（ばってんぼう）は、自分の子どもの牡丹（ぼたん）と利梵（りぼん）がゼニもうけに興味がないのを残念に思っていた。抜天坊は、蔵の整理のアルバイトにやって来たきり丸に、子どもたちを弟子入りさせることを思いつく。

二年い組の能勢久作（のせきゅうさく）は、図書委員会の仕事で、きり丸と杭瀬（くいせ）村の大木（おおき）先生のところに行くことになった。だが久作の担任の野村（のむら）先生は、大木先生が大嫌い。久作に行かないように言い、二人は言い争いになってしまう。

一年い組の伝七（でんしち）と左吉（さきち）は、安藤（あんどう）先生に、ユーモアのセンスがないから実戦に弱いのだと言われてしまう。二人は、いつも笑っている乱太郎（らんたろう）たちにユーモアのセンスがあるのではと考え、様子を探ることにする。

ドクたまたちは、魔界之（まかいの）先生から、八方斎（はっぽうさい）校長先生が書いた分厚い本を渡され、一週間後にテストをすると告げられる。ドクたまたちは、悪い点をとると八方斎校長先生からお怒りのごほうびが与えられると聞いて・・・。

一年ろ組の伏木蔵（ふしきぞう）が図書室から借りた本を返却していない。図書委員のきり丸は、このままでは伏木蔵が中在家（なかざいけ）図書委員長にお仕置きされてしまうと、あわてて伏木蔵の部屋へ・・・。ところがいくら探しても、本は見つからない。

授業の時間なのに、土井（どい）先生が教室に現れない。心配した乱太郎（らんたろう）たちが職員室に行くと、土井先生は高いびきで眠っている。新作の眠り薬の煙を吸い込んでから、ずっと眠ったままだという。何やら夢を見ているようなのだが・・・。

静かで暗いところが大好きな斜堂（しゃどう）先生。ほら穴の中でリラックスしていると、いきなりまぶしい光とともに、滝夜叉丸（たきやしゃまる）が現れた。滝夜叉丸は斜堂先生に、「最近、スターとしての自信を失ってしまって・・・」と相談する。

南蛮（なんばん）商人のクエン・カステーラさんが、忍術学園を見学に訪れた。学園長先生の命令で、カステーラさんのガイドをすることになったきり丸たち。一筋縄では行かないカステーラさんに、きり丸たちはすっかり振り回されてしまう。

字がへたで困っている団蔵（だんぞう）。団蔵は、明日のテストのために、一日で字がうまくなる方法を知りたいと、乱太郎（らんたろう）とともに書道教室・乱気流道場の塚口水堂（つかぐちみずどう）先生を訪ねる。団蔵のために水堂先生が考えた方法とは！？

学園長先生は、忍たまたちが廊下をドタドタ走るのを見て、『足音を立てちゃいけない週間』を行うと宣言する。足音を立てて学園内を歩いた者は、頭にお茶碗を乗っけなければならない。困った乱太郎（らんたろう）たちは、ある作戦を開始する。