明日から新学期。母ちゃんは乱太郎（らんたろう）に、腕によりをかけたおいしいごちそうを作って送り出してあげようとはりきっていた。だが、なぜか父ちゃんは、心を鬼にしてまずい料理を作るべきだと言い出す。

忍術学園の新学期が始まった。学園長（がくえんちょう）先生は煙玉（けむりだま）を使って忍たまたちの前に現れ、みんなに迷惑がられてしまう。機嫌が悪くなった学園長先生をなぐさめるのに苦労するヘムヘム。その話を聞いた乱太郎（らんたろう）は・・・。

学園長（がくえんちょう）先生の突然の思いつきで、一年は組の授業参観が行われることになった。当日、ドキドキしながら家族を待つ忍たまたち。先生たちも緊張している中、事務員の小松田（こまつだ）さんが教室に案内して来たのは・・・。

家の戸を閉め忘れてしまった土井（どい）先生。乱太郎（らんたろう）・きり丸・しんベヱは、土井先生から戸を閉めて来てほしいと頼まれる。さっそく土井先生の家に向かう三人だったが、その話に聞き耳を立てていた「謎の野良犬」が三人の先回りをする。

今日も委員会活動が盛んな忍術学園。ところが、学園長（がくえんちょう）先生の突然の思いつきで、各委員会の委員長が交代することになってしまった。誰がどの委員会の委員長になるのか！？乱太郎（らんたろう）たち下級生は大騒ぎになる。

乱太郎（らんたろう）たちが気をもむ中、新・保健体育委員長として医務室に入って来たのは、穏やかな性格の善法寺（ぜんぽうじ）先輩とは似ても似つかぬあの先輩だった！そして、善法寺（ぜんぽうじ）先輩が新委員長となった委員会とは・・・。

委員長交代で、各委員会は大混乱になる。乱太郎（らんたろう）たちが図書委員会の様子を見に来ると、そこにはやつれ果てたきり丸の姿が・・・。新しい委員長のせいで、図書室をグチャグチャにされてしまったという。それを見た前・図書委員長は・・・。

一年は組の算数のテストで、事件が起きる。乱太郎（らんたろう）ときり丸が高得点をとったのだ。しんべヱは、きっと自分も・・・と期待するが、いつもどおりのひどい点数だった。しんベヱは、自分に隠れて二人が猛勉強をしたに違いないと疑ってしまう。

オーマガトキ忍者の貝原太郎（かいばらたろう）が忍術学園に侵入しようとして、小松田（こまつだ）さんに呼び止められた。聞けば、忍術の勉強をしに学園をのぞきに来たという。塀の外からならばと許された貝原だが、おいしそうな匂いにつられて・・・。

乱太郎（らんたろう）は、食堂のおばちゃんがいつもより元気がないのを心配し、校医の新野（にいの）先生に診てもらうように勧める。診察の結果、健康に問題はなかった。新野先生は「食堂のおばちゃんは忍術学園の宝ですから」と元気づけたのだが・・・。