三年生の次屋三之助（つぎやさんのすけ）が、保健委員の三反田数馬（さんたんだかずま）に傷を手当てしてもらった時のこと。次屋はついはずみで、三反田のことを「影がうすい」と言ってしまった。次屋は、悪いことを言ったと気にして、乱太郎（らんたろう）たちに相談する。

忍者のパートの仕事をクビになってしまった北石照代（きたいしてるよ）。落ち込んでいると、乱太郎（らんたろう）・きり丸・しんベヱがやってくる。就職先がないことを知られたくない北石は、つい乱太郎たちに見えを張ってしまい・・・。

学園長（がくえんちょう）を暗殺しようと忍者の安中茂作（あんちゅうもさく）と安野壌（あんのじょう）が、忍術学園にやってきた。だが、学園長は留守で、たまたま二人を見つけた喜三太（きたんた）がつかまってしまう。

カメ子から、くの一のおシゲに手紙がきた。このところ、しんベヱが実家に帰るのを嫌がっていると言うのだ。原因は、パパがしんベヱに高級料理をむりやりたくさん食べさせるせい。くの一三人組は、しんベヱを帰らせようとする。

山にキノコとりにやってきた六年生の潮江文次郎（しおえもんじろう）・中在家長次（なかざいけちょうじ）・七松小平太（ななまつこへいた）ときり丸。それぞれで場所を選び、キノコとりを始めたものの、その山には一同をねらう山賊がいた。

会計委員長の潮江文次郎（しおえもんじろう）の１０キロそろばんがなくなった！同じ委員会の一年生・任暁左吉（にんぎょうさきち）は、潮江先輩に怒られると、ショックをうける。話を聞いた乱太郎（らんたろう）たちは、一緒にさがすと申し出るが、プライドの高い左吉はきっぱり断ってしまう。

落ちぶれ貴族の南野園（なんのその）が、タンコブをつくって、忍術学園にやってきた。甘酒屋の天座毛（あまざけ）に、店を追いだされた時に、ころんでしまったのだ。南野園の治療をした保健委員長の善法寺伊作（ぜんぽうじいさく）は、天座毛を心配して、店へ行ってみることにする。

兵庫水軍（ひょうごすいぐん）の疾風（はやて）は、戦には強いのに、幽霊や妖怪が大の苦手。海で不気味な幽霊を見て、忍術学園に逃げてきた。乱太郎（らんたろう）たちは、疾風を学園にかくまってあげることにする。

むずかしい宿題に悩む乱太郎（らんたろう）・きり丸・しんベヱ。いつもは庄左ヱ門（しょうざえもん）に宿題を教わる三人だったが、あまり教わってばかりなのもくやしい。そんな時、五年生の尾浜勘右衛門（おはまかんえもん）がやってきて、三人に宿題を教えてくれるという。

三年生の伊賀崎孫兵（いがさきまごへい）が、悲しそうにため息をついていた。ペットの毒ヘビのジュンコに、きらわれてしまったらしい。しかもジュンコは、なぜか一年生の上の島一平（かみのしまいっぺい）には、すっかりなついていて・・・。