アルバイトで巻物を売っていた乱太郎（らんたろう）たち。尾浜（おはま）先輩の手助けもあり、全部売り切った。しかし、店主から売ってはいけないと言われていた貴重な掛け軸まで売ってしまったことがわかり、乱太郎たちは掛け軸を取り戻そうと奔走する。

もうすぐ安藤（あんどう）先生のお誕生日。安藤先生は自分の娘に、誕生日には生徒ばかりでなく敵の忍者からもお祝いが届くと見えを張ってしまった。だが本当は、一年い組はお誕生日会すらしたことがない。それを聞いた乱太郎（らんたろう）たちは・・・。

安藤（あんどう）先生のために、お誕生日会の準備を進める忍たまたち。そしていよいよ当日。い組とは組の生徒たち、それに安藤先生の娘も駆けつけた。さらにやって来たビッグなお客たちに、安藤先生はビックリ仰天する。

食満（けま）先輩は、同室の善法寺（ぜんぽうじ）先輩が乱太郎（らんたろう）と歌いながら包帯を巻くのが気になってしかたがない。食満（けま）先輩は、「ケガに備えて包帯を作るのは、保健委員の仕事としてあまりに消極的だ」と、あることを提案する。

しんべヱは、くの一教室のユキ、トモミ、シゲから裏庭に呼び出される。おそるおそる向かうしんべヱだったが、くの一たちの話は意外なもの。しんべヱに、あるうどん屋さんに行って味見して来てほしいというのだ。忍者がやっているうどん屋さんらしい・・・。

四年生の斉藤（さいとう）タカ丸の父・幸隆（ゆきたか）は、超人気のカリスマ髪結い。熱狂的なファンを遠ざける方法を考えてくれと頼まれたタカ丸は、乱太郎（らんたろう）たちに相談し、兵太夫（へいだゆう）の最新式のカラクリを使うことにする。

ドクタケ水軍創立のため、訓練を実施するキャプテン達魔鬼（たつまき）。ところが、ドクタケ忍者たちは、ケンカをしたり、池に落ちたり、さんざんな状態。困ったキャプテン達魔鬼は、優秀な兵庫（ひょうご）水軍を率いるトップの秘密を探りに行く。

ドクタケ忍術教室の魔界之（まかいの）先生が授業をしていると、ポルトガル商人のクエン・カステーラさんから、内密に会いたいとの伝言が届いた。魔界之先生は、ポルトガルに忍術教室を開くので、その講師に自分を招きたいという話では・・・と考える。

戸部（とべ）先生に、最近、剣の修行に身がはいっていないと言われてしまった金吾（きんご）。金吾は、同室の喜三太（きさんた）のペットのナメクジさんたちに気を取られ、剣の修行がおろそかになっていたことに思い至る。そこで、金吾はある決心をする。

放課後、忍術学園の近所の農家に、子守のアルバイトに行くことになっていたきり丸。あわてて駆けつけると、そこには花房牧之介（はなぶさまきのすけ）がいて、きり丸の代わりに子守のアルバイトをしていた。怒るきり丸に、牧之介は事情を説明する。