休日、ランニングに出た乱太郎（らんたろう）は、途中で一年い組の彦四郎（ひこしろう）に呼び止められる。彦四郎は、優秀ない組の中で、自分が存在感のない学級委員長だと悩んでいた。そんな時、二人は忍術学園出身の元天才忍者と出会う。

五年生の久々知（くくち）と竹谷（たけや）は、互いに六年生がいない委員会のリーダーとして苦労していた。同じ境遇に意気投合した二人。最近、豆腐料理を作るのにこっている久々知は、竹谷に豆腐料理をごちそうすると申し出、喜ぶ竹谷だったが・・・。

オニタケ忍者隊の首領・春巻行者（はるまきぎょうじゃ）のもとで、火薬の研究をしている、早すぎた天才（はやすぎたてんさい）は、ホウキタケ忍者の抜け忍。ホウキタケ忍者に襲われる悪夢に悩まされていたため、金楽寺（きんらくじ）で修行することになる。

乱太郎（らんたろう）が家に帰ると、牡丹（ぼたん）と利梵（りぼん）が来ていた。二人の父親は超ドケチの抜天坊（ばってんぼう）。二人はボロボロの服を買い替えてくれないのに困っていた。乱太郎と乱太郎の母ちゃんは、作戦を立て抜天坊の屋敷へ向かう。

一年ろ組の平太（へいた）は、ビビリでこわがりやさん。同じ用具委員会の富松（とまつ）先輩は、そんな平太をこわがらせてばかりいる。平太と乱太郎（らんたろう）たちが、用具委員長の食満（けま）先輩に、富松先輩を注意してほしいと頼みに行くと・・・。

いつもはドケチのきり丸が、突然「浦風（うらかぜ）先輩にごちそうする」と言いだしたから、乱太郎（らんたろう）としんべヱはびっくり仰天（ぎょうてん）！実はきり丸は、浦風先輩のまじめなある性格を利用して、アルバイトの手伝いをしてもらっていたのだ。

事務の小松田（こまつだ）さんの兄・優作（ゆうさく）さんが、突然、剣豪になるため、有名な剣豪に弟子入りしたいと言い出した。実家の扇子（せんす）屋さんを継ぐため、忍術学園を辞めなきゃならないと悩む小松田さんに、乱太郎（らんたろう）たちは・・・。

アルバイトで原っぱに花を摘みに来たきり丸と、六年生の潮江（しおえ）先輩、七松（ななまつ）先輩、中在家（なかざいけ）先輩。だが、よりによってすぐそばで合戦の演習が行われていた。きり丸の心配をよそに「問題ない」と言い切る六年生だが・・・。

土井（どい）先生ときり丸が家に帰ると、外で大家さんと隣のおばちゃんがひそひそ話をしていた。いつものうわさ話だと思う二人。しかし、家の中に足を踏み入れた途端、土井先生は、誰かが潜んでいる気配を察知する。

再び始まった忍術学園の大運動会。ドクタケはひそかに悪だくみをしていた。ゲスト忍者枠では、風鬼（ふうき）が息子のふぶ鬼（ふぶき）に変装して、手裏剣打ち競技に出場する。ふぶ鬼に変装した風鬼（ふうき）はある人物を狙っていた。