スッポンタケ岳（だけ）へ向かった一年は組。途中、乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんベヱ、庄左ヱ門（しょうざえもん）が、ドクタケ城が占領しているタケタケ砦（とりで）に転がり落ちてしまう。キャプテン達魔鬼（たつまき）に見つかった乱太郎たちは・・・。

炭を調達するため、スッポンタケ村に出入りできる手判（てはん）を手に入れようと、タケタケ砦（とりで）に潜入していた乱太郎（らんたろう）の父ちゃん。乱太郎たちは、土井（どい）先生と利吉（りきち）さんの作戦で、タケタケ砦（とりで）からの脱出を図る。

きり丸はアルバイトで、六年生の中在家（なかざいけ）先輩、潮江（しおえ）先輩、七松（ななまつ）先輩と、団子（だんご）屋さんの店番をする。誰が団子（だんご）を作るか、勝負して決めようとする先輩たち。そこへ、食い逃げ常習犯の侍がやって来る。

乱太郎（らんたろう）は何やら考え事をしながら歩いてくる立花（たちばな）先輩と出会う。安藤（あんどう）先生から作法委員会顧問の斜堂（しゃどう）先生に苦情が来たのだという。どうやら、倉庫に置いてある生首フィギュアが原因らしいということで・・・。

しんベヱの妹・カメ子は、しっかり者。しんベヱが忍術学園に入学してからというもの、寂しがるパパを支えてきた。今までカメ子に心配をかけたことを反省したパパは、「今からしっかりする」と宣言するのだが・・・。

六年生が合宿に出かけるため、七松（ななまつ）先輩の指名で、四年生の滝夜叉丸（たきやしゃまる）が体育委員会の委員長代理を任されることになった。驚いたのは、一年は組の金吾（きんご）。「体育委員会が大変なことになってしまう」と心配する。

一年生が多く、六年生がいない生物委員会。五年生の竹谷（たけや）先輩は委員長代理として、会議に出たり、下級生の宿題の面倒を見たりと大忙し。心配した乱太郎（らんたろう）たちは、生物委員会の顧問の木下（きのした）先生に相談する。

学園長先生から、マツタケ城の若様を暗殺者から守るよう命じられた六年生の立花仙蔵（たちばなせんぞう）。城へ行くと、若様はしんべヱとそっくり。そこへ、若様と入れ替わったしんべヱと小姓（こしょう）にふんした喜三太（きさんた）が現れて・・・。

乱太郎（らんたろう）と六年生の善法寺伊作（ぜんぽうじいさく）は、保健委員会で使う薬草を摘みに出かけた。伊作と同室の食満留三郎（けまとめさぶろう）は、二人の薬草摘みに協力しようとするが、なぜか次々と不運に見舞われ・・・。

忍術学園の休み中は、土井（どい）先生の世話になっているきり丸。今回もいつものように先生の家へ帰るきり丸を、一年は組の忍たまたちはうらやましがる。一方、土井先生の隣の家のおばちゃんは、二人が本当は親子なのではと思い始める。