裏々山にスケッチに出かけた乱太郎（らんたろう）は、五年生の不破（ふわ）先輩と出会う。不破先輩から、「変装をするのに大切な観察力を養うには、スケッチをすることだ。」と以前、はちや先輩が話していたと聞いた乱太郎は・・・。

学園長先生は、古くなった庵（いおり）をリフォームしたいと思うが、忍術学園にはそんな予算はない。そこで、資金集めのために、チャリティーバザーが開かれることになった。ところが、事務の小松田（こまつだ）さんがドクタケ城に招待状を出してしまい・・・。

ドクタケ城主・木野小次郎竹高（きのこじろうたけたか）は、八方斎（はっぽうさい）に内緒で忍術学園のバザーに出かける。竹高を追って、何とか学園に潜入した八方斎。八方斎はやっとの思いで竹高を見つけるが、帰りたくない竹高に逃げられてしまう。

竹高（たけたか）の命令で、忍術トライアスロンに出場することになった八方斎（はっぽうさい）。小松田（こまつだ）さんも、学園長先生に忍者になることを認めてもらいたい一心で出場を決めた。過酷なレースに勝利するのは、一体誰！？

休み明け、乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんベヱは、忍術学園へ向かう道すがら、倒れている旅人を見つける。「大事な手紙を運ぶ途中、腹が痛くて動けなくなってしまった」と言う男。何かのワナかと警戒する三人だったが、結局巻き込まれてしまい・・・。

トフンタケ城の新人忍者から密書入りの魚を託された乱太郎（らんたろう）たちは、先生に相談しようと忍術学園に急ぐ。途中、乱太郎たちは森の中で、「あっさり顔のおじいちゃん」から声をかけられ、その魚を売ってほしいと頼まれる。

忍者に追いかけられた乱太郎（らんたろう）たちは、高い塀に阻まれる。そこへ、一年は組の忍たまたちが次々と現れては、高い塀を前に悪戦苦闘する。みんな怪しい忍者に追われていたのだ。果たして、忍者の正体は・・・。

最後に高い塀の前に現れたのは、喜三太（きさんた）と兵太夫（へいだゆう）。さらに、二人の後を追って、決断力のある方向オンチの神崎左門（かんざきさもん）先輩が暴走する。そして、最後に残った謎は、「あっさり顔のおじいちゃん」だった。

会計委員会に所属する一年い組の左吉（さきち）は、思い込んだら一直線。いつかは潮江（しおえ）先輩のような立派な会計委員長になりたいと、潮江先輩からあるものを借り受け、日々練習に精を出す。ところが、そのせいで左吉の成績がガタ落ちに・・・。

食堂のおばちゃんの使う包丁は、もと名刀の極楽丸（ごくらくまる）。おばちゃんと乱太郎（らんたろう）たちは切れ味が悪くなった包丁を鍛え直してもらいに、刀かじの六道辻ヱ門（ろくどうつじえもん）さんのところへ出かけたが・・・。