会計委員会の団蔵（だんぞう）と左吉（さきち）は、帳簿の計算を間違えたことからケンカを始めてしまう。団蔵は、乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんベヱに左吉とケンカしたことを打ち明ける。同じ頃、左吉もケンカのことを一年い組の同級生に相談していた。

図書委員の仕事をいっしょにすることになったきり丸と怪士丸（あやかしまる）。きり丸は、これまであまり話をしたことがなかった怪士丸から、アルバイトのことをあれこれ尋ねられる。聞けば怪士丸は、今までほとんど外出をしたことがないというのだ。

乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんベヱは、山田（やまだ）先生と土井（どい）先生に連れられて、金楽寺（きんらくじ）へ。食事の席で同席した商人姿の二人組みが、「忍者の中で一番変装がうまい忍者は誰か」という話を始めたことから大変なことに・・・。

忍術学園の仕事が忙しいと、なかなか家に帰ろうとしない山田（やまだ）先生。あるきっかけで反省した山田先生はついに家に帰ることを決意し、学園長先生に許可を申し出る。その話を事務の小松田（こまつだ）さんが立ち聞きしてしまったことから・・・。

乱太郎（らんたろう）の実家では、父ちゃんの留守中に忍者の仕事の依頼が舞い込む。母ちゃんは、父ちゃんの代わりに仕事を引き受けるが、その仕事とは、ドクタケ城に侵入してドクタケ水軍創立の資料を集めるというものだった。

タソガレドキ忍者の諸泉尊奈門（もろいずみそんなもん）から、土井（どい）先生に決闘状が届いた。体よく尊奈門をかわして、戦いを避けようとする土井先生。だがそこへ学園長先生が現れて、尊奈門を倒すようにと命令する。

乱太郎（らんたろう）たちは、森の中をランニングしている時、赤ん坊の泣き声に気づく。近づいて見ると、それは花房牧之介（はなぶさまきのすけ）。乱太郎たちは知らんぷりを決めこもうとするが、そこへ剣豪・灰洲井溝（はいすいこう）がやって来て・・・。

山賊に追われた乱太郎（らんたろう）たち。走っていると、「止まれー！！」の声が。声の主は、四年生の穴掘り名人・綾部喜八郎（あやべきはちろう）。そこら一帯、綾部の掘った落とし穴だらけだとわかり、山賊と乱太郎たちは、動くに動けなくなってしまう。

放課後サッカーをして遊ぶ一年は組の生徒たち。みんながサッカーに夢中になっているのに、伊助（いすけ）は集中できない。あることが気になっているのだ。一方、職員会議で先生たちの議論が白熱する中、一人、集中できない先生がいた・・・。

フリーター忍者の出茂鹿之介（でもしかのすけ）は、小松田（こまつだ）さんの代わりに、忍術学園の事務員になりたくて仕方がない。オニタケ城が忍者を募集しているのを知った鹿之介は、小松田さんをオニタケ忍者に推薦する。