休暇に入り、それぞれの家へ帰ろうとする忍たまたちのところへ、土井（どい）先生がチラシを手に駆け込んで来る。そのチラシに、土井先生の家が格安の貸家として載っているというのだ。疑心暗鬼で家に帰る土井先生ときり丸に、しんべヱも加わる。

化け物が出るというウワサが立っていた土井（どい）先生の家。大家さんは、ここに住んで無事なことを証明してくれたら家賃をタダにすると、オニタケ忍者の風の玉三郎（かぜのたまさぶろう）たちに家を貸していた。夜、風の玉三郎は家の異変に気づく。

化け物の正体は、兵太夫（へいだゆう）と三治郎（さんじろう）、綾部（あやべ）先輩が仕掛けたカラクリやワナのせいだったのか！？　床下の大穴に落ちた風の玉三郎（かぜのたまさぶろう）は、穴の中にいた敵のホウキタケ忍者が怪しいとにらむが・・・。

火薬研究家の早すぎた天才（はやすぎたてんさい）さんが落とした新型宝禄火矢の試作品のせいで、土井（どい）先生の家はますますグチャグチャに・・・。結局、休み中にもかかわらず土井先生と忍たまたちは忍術学園に戻ることに・・・。

くの一教室のユキ、トモミ、シゲは、テストの成績が悪く山本（やまもと）先生から外出禁止を言い渡された。おいしいお団子屋（だんご）さんがあると聞いた三人は、小松田（こまつだ）さんに見つからないようこっそり学園を抜け出そうと画策する。

二年い組の池田三郎次（いけださぶろうじ）は、今日も乱太郎（らんたろう）たち一年は組の生徒をからかって楽しんでいた。二年は組の時友四郎兵衛（ときともしろべえ）は、そんな三郎次のことがなぜか気になってしかたがない。

会計委員長の潮江文次郎（しおえもんじろう）は、図書委員長の中在家長次（なかざいけちょうじ）に、巻物を修補する予算を出すと約束してしまったが、どうしても工面ができない。会計委員の団蔵（だんぞう）はそんな潮江先輩から頼まれて・・・。

五年生の久々知兵助（くくちへいすけ）は火薬委員会の親睦を深めるため、「豆腐パーティー」を開くことを企画する。それを聞いた一年は組の伊助（いすけ）は、二年生の池田三郎次（いけださぶろうじ）先輩が参加するなら自分は参加しないと告げる。

ペットの毒蛇、ジュンコと裏山へ散歩に行った三年生の伊賀崎孫兵（いがさきまごへい）。ところがジュンコは戻って来たのに、孫兵が帰って来ない。五年生の竹谷八左ヱ門（たけやはちざえもん）は、生物委員会で行方不明の孫兵を探そうとする。

火縄銃の名手、照星（しょうせい）さんがひそかに、忍術学園の山田（やまだ）先生と土井（どい）先生を訪ねて来た。照星さんが火縄銃の撃ち方を指導するため呼ばれて出かけたマイタケ城で、ある事件が起きたというのだ。