忍術学園に金吾（きんご）の父が剣豪雨散九斎（うさんくさい）を連れてやって来る。以前、雨散九斎に厳しく鍛えられたことがある金吾は、今度も雨散九斎が自分を鍛えに来たのではないかと心配し、乱太郎（らんたろう）たちも同情する。

放課後、乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱは、勉強好きの庄左ヱ門（しょうざえもん）を町へ引っ張り出す。すると町では庄左ヱ門の頭の良さがうわさになっていた。忍術学園の生徒のことは本来秘密にすべきことなのに、うわさを流していたのは・・・。

三年生の神崎左門（かんざきさもん）先輩が、団蔵（だんぞう）のところへ相談にやって来る。自分の「決断力のある方向オンチ」の性格が馬に移ったのか、馬を上手に操ることができないので、乗馬を教えてほしいというのだ。

乱太郎（らんたろう）は、ドクたまのしぶ鬼（しぶき）たちから、ドクタケ忍者が八方斎（はっぽうさい）の思いつきで軍船を造ることになってしまい、おかげで楽しみにしていたバーベキュー大会が中止になってしまったと聞かされる。

ドケチの高利貸し、抜天坊（ばってんぼう）から、飼い犬、厘賃賃（りんちんちん）を散歩させるアルバイトを頼まれたきり丸。乱太郎（らんたろう）、しんべヱと歩いていると、元一年は組の教育実習生、大間締賢蔵（おおまじめけんぞう）先生と出会う。

ドクたまのリーダーしぶ鬼（しぶき）は、いぶ鬼（いぶき）が休日の外出先を言わないのを怪しく思い尾行する。すると、いぶ鬼は忍たまの金吾（きんご）とひそかに会っていた。そこへ、同じく金吾の跡をつけてきた学級委員長の庄左ヱ門（しょうざえもん）が現れる。

くの一教室は、学園長先生の思いつきで、伊助（いすけ）の実家で染め物体験の授業を行うことになった。さらに、山本（やまもと）先生と魔界之（まかいの）先生の計らいで、山本先生の大ファンである山ぶ鬼（やまぶき）も特別に参加することになる。

乱気流道場の塚口水堂（つかぐちみずどう）先生から学園長先生に手紙が届く。けんかが原因で同居人のさゆりちゃんが出て行き、道場が荒れ放題になってしまったというのだ。そこで、きれい好きの伊助（いすけ）と乱太郎（らんたろう）が掃除に向かう。

乱太郎（らんたろう）たちが事務員の小松田（こまつだ）さんに外出届けを提出しに行くと、小松田さんも外出するという。吉野（よしの）先生に行き先を尋ねられても答えない小松田さん。好奇心いっぱいの乱太郎たちが尾行すると・・・。

大根の煮物を食べたくなった学園長先生は、食堂のおばちゃんに作ってもらおうと思うが、以前、「食堂のメニューは忍たま中心」とリクエストを断られたことを思い出す。しかし、どうしても大根の煮物を食べたい学園長先生は、名案（？）を思いつく。