連休最終日、久しぶりに再会した乱太郎（らんたろう）としんべヱは、きり丸を迎えに土井（どい）先生の家へ行く。最後の日の夕飯なのでぜいたくしようと、土井先生に魚を奮発してもらいご飯を炊いていたきり丸は、食べる分が減ってしまうと涙するが・・・。

乱太郎（らんたろう）としんべヱの分の魚を買いに行った土井（どい）先生の留守中に、喜三太（きさんた）がやって来る。きり丸は炊いたご飯に水を足し、人数分の雑炊を準備するが、その後も一年は組の生徒たちが次々と現れて・・・。

用具委員会の臨時会議が開かれる。数日前から倉庫の品物が少しずつなくなっているというのだ。一方、医務室から貴重な輸入品である胡椒（こしょう）が盗まれたということで、保健委員会でも緊急会議が開かれていた。

夜間のパトロールを始めた用具委員会と保健委員会。そこへ、四年の田村三木ヱ門（たむらみきえもん）、きり丸、生物委員会顧問の木下（きのした）先生が現れる。古い倉庫にくせ者がいるとにらんだ食満（けま）、善法寺（ぜんぽうじ）委員長らは・・・。

忍術学園の休日、土井（どい）先生は、アルバイトで帰ったきり丸のことが気になり家へ向かう。町中で、団蔵（だんぞう）と庄左ヱ門（しょうざえもん）に出会った土井先生は、「ものすごくヘンテコな髪型をしたものすごく怪しい二人組を見た」と聞かされる。

土井（どい）先生の家にいた乱太郎（らんたろう）たちのところに、喜三太（きさんた）が、風魔の先生から届いた大事な手紙を持ってくる。一方、「髪結い処（どころ）斉藤（さいとう）」を襲った二人組を追いかけた戸部（とべ）先生が戻ってきて話したことは・・・。

斉藤（さいとう）親子を襲った暗殺者の万寿烏（ますからす）、土寿烏（どすからす）。追跡した戸部（とべ）先生を邪魔したドクササコの忍者たち。だが、戸部先生は、裏で動く別の忍者の影を感じる。そしてみんな土井（どい）先生の家に集まることに・・・。

土井（どい）先生の家の気配をうかがう万寿烏（ますからす）、土寿烏（どすからす）。土井先生と忍たまたち、そして万寿烏たちとドクササコ忍者を追ってきた風魔流忍術学校の面々が斉藤（さいとう）親子を守るために立ち上がる。

フリーの売れっ子忍者、利吉（りきち）さんがやって来た。食満（けま）先輩のお願いで、「利吉さんの話を聴く会」が裏山で開かれることに。乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱが滝夜叉丸（たきやしゃまる）先輩たちを呼んでくると、そこへいきなり・・・。

利吉（りきち）さんのおかげで、ドクササコのすご腕忍者が放った「流星錘（りゅうせいすい）」をよけることができた忍たまたち。利吉さんによると、ドクササコのすご腕忍者とささいなことが原因でトラブルになり、追いかけられているのだという。