キクラゲ忍者隊に就職した突庵望太（とつあんぼうた）が、忍術学園にやってきた。「キクラゲ城の忠実な家来の与ヱ門（よえもん）さんが牢屋に入れられてしまった。」という。それを聞いた山田（やまだ）先生と土井（どい）先生はさっそくキクラゲ城へ・・・。

キクラゲ城に侵入した山田（やまだ）先生、土井（どい）先生と乱太郎（らんたろう）たち。さっそく女装をして与ヱ門（よえもん）さんのいる牢屋へ向かった。命を狙われていると感じていた与ヱ門さんは、乱心者のふりをしていた。

キクラゲ城の大殿様と若様のもとに集まった一同。忍者であることをなかなか認めない切羽（せっぱ）。その時、山田（やまだ）先生の指示で一斉に手裏剣を投げた乱太郎（らんたろう）たち。ところが手裏剣はとんでもないところに飛んで行った。

庄左ヱ門（しょうざえもん）のじいちゃんのところへ、炭焼きの実習授業にやってきた一年は組。そこへ大量の炭を寄付してほしいと八方斎（はっぽうさい）がやってきた。戦に使うためだと考えた山田（やまだ）先生と土井（どい）先生は・・・。

「虎にかまれた。すぐ帰れ・・・」夜中に突然届いたパパからの手紙。驚いて泣きながら急いで家に帰ったしんべヱが見たものは、敷物の虎の口に足を入れ、陽気に踊るパパの姿だった。

食堂のおばちゃんのお使いで金楽寺（きんらくじ）へ向かった乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。途中でお腹をすかせ、お供えドロボウをしたおじさん忍者に出会った。その人は、忍者にあこがれている忍者マニア「忍マニ」の少年を連れていた。

仕事で武家屋敷に忍び込むおじさん忍者に「手伝ってほしい。」と頼まれた乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。みんなでその方法を考えた。その結果、忍マニ少年のアイデアで変装することになったおじさん忍者。その変装とは・・・。

忍マニ少年に変装して武家屋敷に忍びこんだおじさん忍者。ところがすぐに見つかってしまった。忍マニ少年が追われるはめに・・・。しかし忍マニ少年の正体は、おじさん忍者の師匠、甲賀聞冥老師（こうがぶんめいろうし）だった。

新しい事務員としてやる気満々の出茂鹿之介（でもしかのすけ）がやってきた。出張中の山田（やまだ）先生、土井（どい）先生にかわり臨時講師まで買って出るほど・・・。その頃先生たちは、喜三太（きさんた）と森の中にいた。

学園長の庵（いおり）にやってきた出茂鹿之介（でもしかのすけ）。乱太郎（らんたろう）たちの乱入で顔の皮がめくれた。実は変装したドクロアジロガサ忍者だった。追う学園長たちを欺くため、山田（やまだ）先生に変装したドクアジロガサ忍者だったが・・・。