オリエンテーリングの授業の最中、ある屋敷の前でうろうろしている蔵廻りの智吉（ともきち）さんに出会った乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。昨日買い取った着物からとんでもないものをみつけ、届けにやってきた智吉さんだったが・・・。

恋文を渡すアルバイトを引き受けた乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。「桶がわぬきの術」を使い、屋敷に忍び込むことに成功した。智吉さんが恋文だと思っていた手紙が、大切な暗号文であることを知った乱太郎たちは・・・。

屋敷に潜り込んでいた盗賊団の横車押ヱ門（よこぐるまおしえもん）たちに、お宝のありかが書かれた暗号文を奪われそうになった乱太郎（らんたろう）たち。その時、しんべヱのお尻から外れなくなっていた桶（おけ）が、ものすごい勢いではじけ飛んだ。

学園長のお使いで、最近結婚した里芋行者（さといもぎょうじゃ）さんにお祝いの品を届けることになった土井（どい）先生、乱太郎（らんたろう）、しんべヱ。町のはずれの見世物小屋にやってきた三人。里芋行者さんの幻術ショーが行われているのだ。

山田（やまだ）先生にお使いを頼まれ、利吉（りきち）さんを訪ねることになった乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。利吉さんは合戦場で忙しく働いていた。そこへ突然現れた小松田（こまつだ）さん。利吉さんの仕事ぶりを見学にやってきたのだ。

学園長に会いにカメ子がやってきた。これから第三協栄丸（だいさんきょうえいまる）さんのところへ鯨の肉を買い付けに行くのだ。その話をきいてどうしても鯨の肉を食べたくなった学園長は、一年は組の忍たまたちをお使いに行かせることに・・・。

鯨捕りの最中に海の妖怪らしきものを見てしまい、元気のない兵庫水軍の舳丸（みよしまる）さん。その話を聞いていた山田（やまだ）先生と土井（どい）先生は、兵庫水軍の領海を狙っているヤケアトツムタケ忍者の仕業ではないかと考えた。

ヤケアトツムタケ忍者とドクタケ忍者のたくらみを知った兵庫水軍と一年は組。援軍として吉野（よしの）先生たちも加わり迎え撃つことに・・・。南蛮に注文して取り寄せたザトウ鯨型の軍船でやってきたドクタケだったが、兵庫水軍の船に取り囲まれ・・・。

見世物小屋で、小銭をたくさんもらっている人気の軽業師の技を見た乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。小銭に目がくらんだきり丸は、さっそく弟子にしてもらおうと軽業師のところへやってきた。ところが、正体を知られたくない軽業師は・・・。

学園長から絶対開けてはいけない大切な箱を預かることになったユキ、トモミ、シゲの三人。その様子をこっそりのぞいていたきり丸。さっそく箱のもとへやってきた。まわりに誰もいないことを確かめ、箱に手を入れたきり丸だっだが・・・。