マラソンの最中、飯加玄南（いいかげんなん）さんに遭遇した土井（どい）先生としんべヱ。スッポンタケの企みを知り、しらせにやってきた。途中で合流した灰洲井溝（はいすいこう）さんと乱太郎（らんたろう）たちは土井先生の指示のもとある場所へ・・・。

チャミダレアミタケの殿様がピクニックをする谷へやって来た土井（どい）先生と乱太郎（らんたろう）たち。護衛の中に暗殺者がまぎれているとの情報が・・・。そこで様子を探るため乱太郎たちは、近所の遊びに来た子供に変装して近づくことになった。

チャミダレアミタケの宴会料理を運んでいる女性から刃物と火薬のにおいを嗅ぎ取ったしんべヱ。乱太郎（らんたろう）たちは、さっそくチャミダレアミタケの殿様のところへ急いだ。ところが、彼女達は見せかけの刺客で本物は別にいたのだ。

スッポンタケ忍者たちが、谷の入口から「霞（かすみ）うちわの術」で攻めてきた。どんどん近づいてくるガス。そこで乱太郎（らんたろう）たちは新野（にいの）先生が用意した秘密兵器で応戦することにした。

においにつられおでん鍋のところにやってきたしんべヱ。そのとき縄が飛んできて捕らえられるはめに・・・。くの一の授業の一環で、おでんのにおいで人を集めているのだ。小屋に連れて行かれたしんべヱ。そこには、い組の彦四郎（ひこしろう）が・・・。

学園長の思いつきで突然朝礼が行われた。「活発な委員会活動のせいで全学年で成績が落ちてしまった。成績が向上するまで活動は停止。」それを聞いた忍たまたちは大喜び！そのとき、小松田（こまつだ）さんがとんでもない情報をもってやって来た。

「委員会対抗低学年による山賊退治合戦」が始まった。張り切って火花を散らす上級生たち。一方、ハイキング気分で出発した乱太郎（らんたろう）たち低学年の忍たまの目の前には、激しい流れの川が・・・。ぼう然とする忍たまたちの前に現れたのは・・・。

ようやく山賊の見張り小屋にたどりついた低学年の忍たまたち。様子をうかがうため三年生の発案で石を投げてみることに・・・。ところが乱太郎（らんたろう）たちの投げた石は砦（とりで）には届かず三年生に当たってしまった。そこで登場したのは・・・。

山賊砦（さんぞくとりで）の火薬の保管場所について、保健委員長の善法寺（ぜんぽうじ）先輩から暗号ののろしが上がった。ところが虫食いで正しい内容がわからない。そこで図書委員と生物委員が協力し、解読することになった。

新装開店のおしるこ屋へこっそり出かけた学園長。その店は、学園長を捕まえようとドクタケが用意した罠（わな）だったのだ。絶体絶命の学園長。ところが学園長に技をほめられたドクタケ忍者たち。スカウトされ、先生として忍術学園にやってきた。