乱太郎（らんたろう）の家にアルバイトがやって来た。そのアルバイトをみてびっくり。灰洲井溝（はいすいこう）さんの弟子の飯加玄南（いいかげんなん）さんだった。忍術学園に行く途中、お金を落とし困っていたところを母ちゃんに助けてもらったのだ。

小松田（こまつだ）さんの実家の扇子屋でアルバイトをしていたきり丸に、骨と地紙を別々に注文した客の話を聞いた土井（どい）先生たち。霞扇（かすみおうぎ）の術のためかもしれないと考えた。そこで乱太郎（らんたろう）が似顔絵を描くことに・・・。

スッポンタケの代官館に、髪結いとして出入りしている斉藤タカ丸さんのお父さんの情報で灰洲井溝（はいすいこう）さんが狙われていることがわかった。そこで土井（どい）先生の作戦で玄南（げんなん）さんが代官館に潜入することに・・・。

「扇子作りアルバイト募集」のチラシを見つけたきり丸たち。チラシを配っていたのは小松田（こまつだ）さんの実家で未完成の扇子を大量に購入した奴らしい。翌朝、乱太郎（らんたろう）たちは、アルバイトのため町外れの荒寺にやって来た。

乱太郎（らんたろう）たちは、アルバイトの最中に忍たまであることを見破られてしまい急いで逃げることに。ところが新野（にいの）先生が捕まりそうになってしまった。そこでスッポンタケ忍者を退治するため乱太郎たちが思いついたことは・・・？

忍術学園へ行く途中、忍者らしき老人に出会った土井（どい）先生はその怪しいようすに後をつけることにした。学園で知らせを待つことになった乱太郎（らんたろう）たち。ところが、土井先生の他にも怪しい老人を調べに出かけた人たちがいたのだ。

安藤（あんどう）先生の指導のもと、一年い組が調査に出かけたことを知った乱太郎（らんたろう）たちは組。そこで山田（やまだ）先生の目を盗んでこっそり出かけることにした。そして見つけた怪しい屋敷。なんとそこはドクタケ忍者の駐在所だったのだ。

怪しまれないように近所の良い子を装い、屋敷を見張っていた乱太郎（らんたろう）たち。そのときまんじゅう売りがやって来た。これから屋敷にまんじゅうを売りに行くと聞き、乱太郎と庄左ヱ門（しょうざえもん）はいっしょに連れて行ってもらうことにした。

屋敷の下働きになりすました伝子（でんこ）さんと利子（りこ）さん。情報を収集するため相手の裏をかく「天唾（てんだ）の術」を使うことに。そこへまんじゅう売りとドクタケ忍者隊部隊長の大黄奈栗野木野下穴太（おおきなくりのきのしたあなた）がやって来た。

ドクタケ忍者の企みは、忍術学園や他のお城を攻撃することだった。攻撃を止めさせるため、伝子（でんこ）さんと利子（りこ）さんは、屋敷を爆破することに・・・。しかし、ドクタケ忍者は手ごわい。そこで二人が考えた作戦とは・・・？