いつも冷静沈着な六年の立花仙蔵（たちばなせんぞう）先輩。ところがしんべヱ、喜三太（きさんた）といると冷静さを失ってしまう。修行をしようと考えた仙蔵先輩は出かける和尚に頼み金楽寺で過ごすことに。ところがそこにはとんでもない留守番が・・・。

今日は自主性を重んじる忍たまだけの校外授業。そこへドクたまたちがやってきた。左吉（さきち）と伝七（でんしち）に誘われ、優秀ない組の授業を見学することに。すぐ隣では、は組の授業も行われていた。ところがその様子にドクたまは・・・。

封筒の宛名書きのアルバイトが間に合わず乱太郎（らんたろう）、しんべヱに手伝ってもらったきり丸（まる）。しかし、失敗が多くお金がもらえなかった。しょんぼり歩いていると目の前に小銭が・・・。あわてて飛びつくとなぜか小銭が移動してしまった。

学園長の思いつきでかくれんぼをすることになった一年は組。裏山に隠れたは組の忍たまたちを、学園長とヘムヘムが探し出す・・・。実は忍者としての衰えを感じた学園長が考えた腕試しなのだ。次々と忍たまたちを見つけた学園長だったが・・・。

は組の実習中に、校舎のむこうに飛んでいってしまった大国火矢（だいこくひや）。乱太郎（らんたろう）たちが探しに行くと、くノ一の宿舎のほうから話し声が聞こえてきた。干してあった洗濯物に穴が開いてしまったらしいのだ。

忍術の勉強になるものをスケッチすることになった「は組」。何を描こうかと悩んでいると、「私をスケッチすれば変装の勉強になるでしょ。」と山田伝子（やまだでんこ）さんが現れた。しかし伝子さんのスケッチをはじめた忍たまたちは具合が悪くなり・・・。

泳げないのは恥ずかしいと秘密練習をしていた第三協栄丸（だいさんきょうえいまる）さん。ところが疾風（はやて）に見られていたのだ。あまりのショックに第三協栄丸さんは、行方をくらましてしまった。乱太郎（らんたろう）たちも探すお手伝いをすることに・・・。

ジョギング中の乱太郎（らんたろう）の父ちゃんに見知らぬ人から仕事の依頼が・・・。「八方斎（はっぽうさい）の頭の固さを調べてほしい」というものだった。さっそくドクタケ城に出かけてみると、そこには同じ仕事の依頼を受けた乱太郎の母ちゃんがいた。

山田（やまだ）先生のハンカチが、風でくノ一教室の方へ飛んでいってしまった。家に帰ってこない山田先生に、「自分のことを思い出してほしい。」と奥さんが渡したかわいい愛のハンカチなのだ。はずかしくて自分でとりにいけない山田先生は・・・・。

忍術学園のお休みの日。お昼のメニューで悩んだ食堂のおばちゃんが、山田（やまだ）先生と土井（どい）先生のところへ相談に・・・。ところがなぜか山田先生がおでん定食を作ることになり、練り物嫌いの土井先生までお手伝いをするはめに・・・。