しんべヱの妹カメ子が忍術学園にやって来た。福富屋（ふくとみや）で後継者問題が持ち上がり、しんべヱのパパが「しんべヱではなく、カメ子に後を継がせる。」と言い出した。後を継ぎたくないカメ子はしんべヱを説得にやって来たのだ。

第三協栄丸（だいさんきょうえいまる）さんが、忍術学園にやってきた。毎日サメが出て、仕事にならず困っている。そこで石火矢（いしびや）を使い、サメを追い払いたいと相談にきたのだ。そこで土井（どい）先生が指導することに・・・。

図書委員の仕事で本の整理をしていたきり丸。すると本棚の影から恥ずかしがりやの松千代（まつちよ）先生が・・・。びっくりするきり丸に松千代先生は、学園長が、またとんでもないことを思いついてしまったと話し始めた。

ドケチの師匠おりんばあさんが寝込んでいると聞いたきり丸。保健室の新野（にいの）先生と様子を見に行くことにした。ところが、ただで診察をしてくれるという新野先生の申し出をおりんばあさんは、きっぱりと断わったのだ。

おいしいうどんを食べに町にやって来た乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。すると目の前に女の人ばかりが並んでいる店が・・・。斉藤タカ丸のお父さんの髪結いの店だった。そのとき中から激しい爆発音が・・・。

戸部（とべ）先生が、裏山に剣の修行に行ったきり三日も帰ってこない。食料を二日分しかもって行かなかった戸部先生。心配になった金吾（きんご）と、乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱは、おばちゃんにおにぎりを作ってもらい、捜しに出かける。

食堂のおばちゃんからお使いを頼まれ金楽寺（きんらくじ）へ向かった乱太郎（らんろう）。金楽寺に到着した乱太郎が、盆栽を手にして眺めていた珍念（ちんねん）に声をかけると、珍念は盆栽を落としてしまった。そこへ怒り爆発の和尚が現れた。

「頭が痛い。」としんべヱが寝込んでしまった。どうやら風邪をひいてしまったらしい。しかしみんなに優しくされ、しんべヱはすっかり元気を取り戻した。ところが、今度はきり丸がおなかが痛いと言い出し寝込んでしまった。

乱太郎（らんたろう）の家にしんべヱと虎若（とらわか）がやってきた。虎若は父ちゃんに家を追い出され、忍術学園の学費も払ってもらえなくなったという。そこに「アルバイトするしかないだろう。」と、きり丸が現れる。

アルバイトのチラシを見て集合場所までやって来た乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ、虎若（とらわか）と土井（どい）先生。そのとき後ろから黒い影が襲ってきた。その正体は、アルバイトのチラシを配っていた怪しい二人組みだった。