目立ってはいけないはずの忍者なのに、派手な変装をして出かけていった乱太郎（らんたろう）の父ちゃん。そこへ乱太郎を迎えにやってきたきり丸は、町でうわさの「辻斬り（つじぎり）」ならぬ「辻刈り（つじがり）」について話し始めた。

歌いながら楽しそうに山道を行く乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。すると後ろから男の声が・・・。その男に、あっという間におかしな髪型にされてしまった三人。最近世間を騒がせている辻刈り（つじがり）だったのだ。ところで辻刈りの目的とは・・・。

辻刈りの正体は超有名髪結いを父に持つ髪結いの斉藤タカ丸だった。タカ丸の家は代々忍者だったが、おじいさんが髪結いに化け町に住み着いたところ、髪結いとしてあまりにも評判になり忍者であることを忘れてしまったのだ。

どこの忍者だったのか？誰にも告げず亡くなったタカ丸のおじいさん。鍵を握っているのはおじいさんをよく訪ねてやって来ていた忍者だ。手がかりは、頭に七つのツムジを持っているということだけ。ところがその忍者をよく知る人物が現れた。

うれしそうな学園長先生。昔のガールフレンド楓（かえで）さんが今日、会いにやって来るのだ。ところが、やって来たのは、もう一人の昔のガールフレンド如月（きさらぎ）さんだった。あわてた学園長先生は、乱太郎（らんたろう）たちに助けてもらおうと考えたが・・・。

道具管理主任の吉野（よしの）先生は、最近元気がない。事務員の小松田（こまつだ）さんがどこかの城の忍者になるという噂のためだ。そこへ杖を持った男が小松田さんを訪ねて忍術学園にやってきた。怪しい・・・と思った乱太郎、きり丸、しんべヱは・・・。

小松田（こまつだ）さんを忍者に推薦したのは、忍術学園の事務員になりたい出茂鹿野介（でもしかのすけ）だった。出茂から噂を聞いた男が学園で小松田さんスカウトの話をするとみんなに断られ、吉野（よしの）先生には、石火矢（いしびや）で追い払われることに。

忍術学園のそばに怪しい人影が・・・。日本盗賊連盟から儲かっているわりには警備がゆるい福富屋（ふくとみや）を紹介され盗みにやってきた新人の盗賊たち。ところが連盟の人が渡してくれた地図は、忍術学園のものだった。

テストの結果があまりにも悪かったは組。あきれた学園長は、今度起る問題をクリアできなかった場合、は組をばらばらにして廃止する！と言い出した。そんなところへいいにおいが・・・。においにつられしんべヱは塀の外へ。その正体は田楽豆腐だった。

福富屋（ふくとみや）にドクタケ水軍を作るための資金を出して欲しい・・・と城主の木野小次郎竹高（きのこじろうたけたか）がやってきた。断ったしんべヱのパパ。ところがそのころドクタケ忍者隊首領の稗田八方斎（ひえたはっぽうさい）が、しんべヱを誘拐していたのだ。