学園（がくえんちょう）の庵（いおり）をそうじしていた虎若（とらわか）がとんでもない話を聞いてきた。黒古毛般蔵（くろこげぱんぞう）先生が裏山（うらやま）の小屋で命をかけた研究を始めたらしい。般蔵先生の研究といえばおそろしい忍者食の開発。研究を中止させるためにしんべヱ、虎若、三治郎（さんじろう）が考えたことは・・・。

授業（じゅぎょう）が終わり、食堂にやって来た乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。そこへ、しんべヱをむかえに妹のカメ子がやってきた。パパが寝（ね）こんでしまったのだという。ところが、なぜかしんべヱは絶対に帰りたくない・・・と言い出した。

ドケチのスランプにおちいったきり丸。そこでドケチの師匠（ししょう）おりん婆（ばあ）さんのもとで修行をやり直すことにした。ところがドケチのはずのおりん婆さんが、お茶やおまんじゅうをすすめてくれた。バクバク食べ続けるおりん婆さん。きり丸はどうも納得（なっとく）がいかない。

学園長の古い友人がたずねてくることになり、その出むかえをたのまれた安藤（あんどう）先生。そそうがあってはたいへんと、は組を裏山（うらやま）に追いはらったり、い組の生徒たちにそうじをさせたりと、準備（じゅんび）によねんがない。はり切る安藤先生。いったい何があったのだろうか？

ドクタケ城では「ドクタケ忍者隊首領（しゅりょう）選挙（せんきょ）」が行われることになった。再選（さいせん）をねらっている八方斎（はっぽうさい）。ところが、ドクタケ忍者の間では達魔鬼（たつまき）の方に人気があつまっていた。それを知った達魔鬼は手柄（てがら）をたててさらに評判（ひょうばん）をあげようと思いついた。

「釣（つ）りがしたい。」という庄左ヱ門（しょうざえもん）、団蔵（だんぞう）といっしょに第三協栄丸（だいさんきょうえいまる）さんの海にやって来た乱太郎（らんたろう）。船に乗せてもらい釣りを楽しむことになった。ところがとんでもないものを釣り上げてしまった。

山本（やまもと）シナ先生、ユキ、トモミ、おシゲのくノ一たちを、町にできたおいしいうどん屋まで案内（あんない）することになったしんべヱ。ところが呉服（ごふく）屋や小物屋により道をしてしまうくノ一たち。はやくしないとうどんが売り切れてしまう・・・と心配（しんぱい）なしんべヱだったが・・・。

日光浴にさそっても、元気をなくしツボから出てこない喜三太（きさんた）のナメクジさんたち。どこか体の具合でも悪いのではと乱太郎（らんたろう）たちのすすめで校医の新野（にいの）先生にみてもらうことになった。ナメクジさんたちを診察（しんさつ）した新野先生は、しょうげきの事実を告（つ）げた。

一年は組が、山田（やまだ）先生の授業（じゅぎょう）を受けていると血相（けっそう）をかえ、突庵望太（とつあんぼうた）がやってきた。北石照代（きたいしてるよ）が商人につかまってしまったらしい。望太にたのまれた山田先生は、忍たまたちを連れて救出（きゅうしゅつ）に向かうことにした。

食堂のおばちゃんにたのまれて、裏々山（うらうらやま）キノコ協同組合副組合長にキノコをもらいにきたきり丸、虎若（とらわか）、三治郎（さんじろう）。すると犬を追いかけて、副組合長が飛び出してきた。そしてなぜかその後ろを土倉（どそう）の抜天坊（ばってんぼう）が追いかけていった。