今日のは組の授業（じゅぎょう）は、校外で自由研究をすることになった。そんな矢先、喜三太（きさんた）が消えてしまった。そこへ「喜三太を見かけた。」と斜堂（しゃどう）先生が現れた。オーマガトキ城の兵を追っていったらしい。喜三太があぶない！オーマガトキ城はタソガレドキ城と戦（いくさ）の真っ最中なのだ。

喜三太（きさんた）をさがすため濃い霧（きり）の中、歩き出した山田（やまだ）先生、土井（どい）先生、斜堂（しゃどう）先生とは組の忍たまたち。そのときしんべヱがだれかとぶつかった。たおれてしまったおじさん。その顔はなんとしんべヱにそっくりだった。その正体とは？

オーマガトキの忍びの者とかんちがいされ、タソガレドキ軍にとらわれてしまった庄左ヱ門（しょうざえもん）たち。城主の黄昏甚兵衛（たそがれじんべえ）と忍び組頭（しのびぐみがしら）から取調べを受けていた。そこへ伝令（でんれい）がやってきて、忍たまたちの前にわざとらしく苦無（くない）を落としていった。

タソガレドキ兵に変装（へんそう）した斜堂（しゃどう）先生が庄左ヱ門（しょうざえもん）たちを救出（きゅうしゅつ）に行こう・・・としたその時、忍たまたちが自力でもどってきた。ヘッポコ伝令のおかげでにげることに成功したのだ。残るは、喜三太（きさんた）。いったいどこにいるのだろうか？

タソガレドキ軍の作戦が失敗し戦（いくさ）が終わり、喜三太（きさんた）も無事（ぶじ）救出できた。忍術（にんじゅつ）学園のみんなが安心して帰ろうとしたところへ、オーマガトキ城の戦の隊長（たいちょう）がやってきていきなり発砲（はっぽう）を命じた。ねらわれていたのはなんとしんべヱだった。

ドクタケ城のていさつにやってきた利吉（りきち）さん。こっそり森からようすをうかがっていると後ろからドクタケ忍者の風鬼（ふうき）に声をかけられた。全速力でにげた利吉さんだが後ろをふり向くと、そこには風鬼がいた。ぼろぼろになりながら追ってきたそのわけとは？

一年は組の忍たまたちは、いつものように校庭で土井（どい）先生の授業（じゅぎょう）を受けていた。そこへセレブなムードのご婦人（ふじん）がやってきた。なんとその人は、こい化粧（けしょう）をし、ゆうがな口調に変身した乱太郎（らんたろう）の母ちゃんだった。

第三協栄丸（だいさんきょうえいまる）さんが、たくさんの新せんな魚をもって忍術学園にやってきた。おばちゃんは大よろこび。メニューをお刺身（さしみ）定食に決め、さっそく作業（さぎょう）にとりかかった。なにやら話を聞いてもらいたそうな第三協栄丸さんだったが、相手にしてもらえず、あきらめ、外にでた。

ドクタケ城城主の木野小次郎竹高（きのこじろうたけたか）は、忍術学園の学園長ひきいる忍たまたちにおそわれる不吉な夢（ゆめ）をみた。夜中に飛び起きた城主は、正夢（まさゆめ）になってはたいへんと八方斎（はっぽうさい）とドクタケ忍者を起こして、忍術学園をおそうことにした。

食堂のおばちゃんと町へ買い出しに行った乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。帰りにみんなでお団子屋（だんごや）によることにした。そこでお店の主人からおかしな話を聞いた。この先の橋に最近（さいきん）カッパが出て通行人をおどろかせてこまっているという。そのカッパの正体とは？