とつぜん、ハンサムにへん身（しん）した乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。やみ夜のドクタケ城にかっこよくしん入した。ところがなんと、同じようにハンサムにへん身した稗田八方斎（ひえたはっぽうさい）があらわれたのだ。いったいどうなっているのか？

授業（じゅぎょう）を終えた乱太郎（らんたろう）たちと土井（どい）先生が、食堂で食事（しょくじ）をしていると事務員（じむいん）の小松田（こまつだ）さんがあわててやってきた。土井先生の家のようすがおかしいとれんらくがはいったらしい。急いでとびだしていく土井先生。乱太郎たちもいっしょに行ってみることにした。

土井（どい）先生の家は家ちんをはらいわすれていたために、オニタケ忍者（にんじゃ）の西長洲本通九丁目（にしながすほんどおりきゅうちょうめ）さんがかりて紐屋（ひもや）を開いていた。ところが忍者ならではのアイデア商品（しょうひん）をあつかっていたため、女装（じょそう）したあやしい人々が集（あつ）まってきた。

土井（どい）先生の家に近づくくせ者。自しょうオニタケ忍者（にんじゃ）一のイイ男、風の玉三郎（かぜのたまさぶろう）さんも加わり、忍者道具で退治（たいじ）することにした。ところがくせ者だと思っていたのはなんと大家さんだったのだ！大家さんはかんかんにおこってしまった！

いつも失敗（しっぱい）ばかりの事務員（じむいん）の小松田秀作（こまつだしゅうさく）さん。吉野（よしの）先生は、小松田さんが事務員にむいてないことを伝えるため、乱太郎（らんたろう）といっしょに家庭訪問（かていほうもん）をすることにした。小松田さんの家にはそっくりな兄の優作（ゆうさく）さんがいた。

学園長のおともで、砲弾（ほうだん）研究（けんきゅう）家の多田堂禅（ただどうぜん）先生のところへ行くことになった乱太郎（らんたろう）たち。とちゅうとうげの茶屋で一休みしていると、木のかげにカサカサと音を立てていどうするへんてこりんなものが・・・。

おだんごを取り合い、がけ下におちてしまったホウキタケ忍者（にんじゃ）とヘムヘム。急いで乱太郎（らんたろう）たちがかけつけてみると、そこには見知らぬチョビヒゲの男が・・・。そのすがたをみて「とうとうみつけたぞ。」とホウキタケ忍者が・・・。その正体とは？

ホウキタケ城（じょう）のお金をネコババし、あぶない火やくの研究（けんきゅう）をしている自しょう「早すぎた天才」。うら切り者の「早すぎた天才」をつかまえようとひっしのホウキタケ忍者たち。それをしり目に学園長が意外（いがい）なことを言い出した。

マラソン授業（じゅぎょう）中の一年は組。とちゅうで、しんべヱの鼻水（はなみず）にいろんな物がくっついてしまった。その中に、盗賊（とうぞく）の藤棚藤十郎（ふじだなとうじゅうろう）がいた。乱太郎（らんたろう）たちが忍たまだと知った藤棚は、忍術（にんじゅつ）を学び偉大（いだい）な盗賊になりたいと忍たまたちについてきた。

忍術（にんじゅつ）を学びたい盗賊（とうぞく）の藤棚藤十郎（ふじだなとうじゅうろう）は、学園にもぐりこもうと乱太郎（らんたろう）たちの後をおいかけ続けていた。こまりはてた乱太郎たちは、学園のれんしゅう場がある森の中へとやってきた。そこには上級生が作ったわなやしかけがたくさんあるのだ。