剣豪（けんごう）とひょうばんの戸部（とべ）先生のところに剣豪武術（ぶじゅつ）大会のしょうたい状が来た。忍術学園では、学園をあげておうえんすることになった。有名な剣豪たちがあつまるはずの大会なのに、ほかのうで自慢（じまん）たちにはなぜかしょうたい状が届かない。いったいどうなっているのか？

日銭屋のおりんばあさんは自分の店でもつとまる根性（こんじょう）のある店員を探していた。一方、土井（どい）先生のところには、忍術教師（にんじゅつきょうし）としてむかえいれたいとナメタケ城からスカウトの武士（ぶし）がやって来た。ことわってもこりない武士。すべてを見ていたきり丸はよいことを思いついた。

五年ろ組のはちや三郎（さぶろう）は変装（へんそう）の名人。だれもその素顔（すがお）を見たことがない。今日の授業でその正体をあばくことになった。いつもはクラスメートの不破雷蔵（ふわらいぞう）に変装しているのでかなりややこしい。さて忍たまたちは素顔を見ることができるのだろうか？

乱太郎（らんたろう）たちは、学園長のむかしからの友人で忍術の名人の竜王丸（りゅうおうまる）のところへ手がみを届けることになった。無事（ぶじ）おつかいもすみ、竜王丸のつくった器（うつわ）を見せてもらっていた。ところが、しんべヱがあやまって器をわってしまい・・・！？

いつもおいしい魚をくれる第三協栄丸（だいさんきょうえいまる）たちのため、南蛮風（なんばんふう）料理（りょうり）をつくりに、食堂のおばちゃんと乱太郎（らんたろう）たちが浜にやってきた。おばちゃんの料理に感動（かんどう）した海賊（かいぞく）さんたちは、毎日食べたくなり「おばちゃんをかえしたくなーい！」と言い出した。

忍たまたちの目の前にそびえたつ、けわしい山。山田（やまだ）先生からの今日の課題（かだい）は、地図（ちず）をもたずにその山にのぼること。頂上（ちょうじょう）ではなんと！学園長がごほうびを用意（ようい）してまっていてくれるらしい。さて、忍たまたちはぶじにたどり着くことができるのだろうか？

兵庫第三協栄丸（ひょうごだいさんきょうえいまる）さんの軍船（ぐんせん）が、ドクタケ忍者にうばわれてしまった。話を聞いた山田（やまだ）先生たちは「一年は組が授業（じゅぎょう）のひとつとして軍船をとりかえします！」と言い出した。ドクタケ忍者たちは南蛮（なんばん）からじかに手に入れた武器（ぶき）をもっているのに・・・。

忍者派遣社員（はけんしゃいん）用の貸衣装（かしいしょう）を身につけた忍たまたちは、うまくドクタケ水軍にもぐりこむことができた。ところがタライ・マワ師の幻術（げんじゅつ）にやられ、つかまってしまった。なぜかなりゆきで、忍たまとドクたまが代表者を決め、勝負（しょうぶ）することになった・・・。

北石照代（きたいしてるよ）のせいでピンチにおちいった忍たまたち。そんな中、山田（やまだ）先生がおくりこんだ幻術（げんじゅつ）使（つか）いの自然薯居士（じねんじょこじ）があらわれ、タライ・マワ師との幻術対決（たいけつ）がはじまった。さて、ぶじに軍船を取りもどすことはできるのか！？

土井（どい）先生から「保健委員（ほけんいいん）のこれまでの活動（かつどう）レポートを明日までに提出（ていしゅつ）してほしい。」とたのまれた乱太郎（らんたろう）。学級新聞（がっきゅうしんぶん）の記事（きじ）にするらしい。おもしろいものにしようと、夜をてっしてはりきる乱太郎。さて、そのできばえは・・・。