元忍術学園の教師（きょうし）だった大木雅之助（おおきまさのすけ）先生が、畑で腰（こし）をいためてしまった。ラッキョウをねらうカラスを退治（たいじ）しようとして『グキッ』となってしまったらしい。手伝いに来たしんべヱたちのおかげで無事（ぶじ）追いはらうことができた。しかし、なぜかラッキョウがどんどんへっていく・・・。

なかよく将棋（しょうぎ）をさしていた忍術学園の学園長（がくえんちょう）と金楽寺（きんらくじ）の和尚（おしょう）。いつのまにやら大ゲンカに。怒り（いかり）のおさまらない学園長は、あの手この手で忍たまたちをまるめこみ、金楽寺に突撃（とつげき）することにした。ところが・・・。

高利貸し（こうりがし）の抜天坊（ばってんぼう）が、戸部（とべ）先生に貸したお金を返してもらいに忍術学園にやってきた。ところが戸部先生に会った抜天坊は「顔（かお）がちがう！」と大さわぎ。たしかに戸部先生の名まえをかたる者がお金を借りに来たらしい。その正体（しょうたい）は？

ドクタケ城主（じょうしゅ）の命（めい）をうけて、達魔鬼（たつまき）はマイタケ城の宝（たから）である『黄金のマイタケ』を盗みにいくことになった。さいきん、すっかり出番（でばん）をうばわれている八方斎（はっぽうさい）は忍たまたちを使い、達魔鬼のジャマをしようと考えるが・・・。

ドクたまたちは教室のそうじ中、八方斎（はっぽうさい）の肖像画（しょうぞうが）を落としてしまった。八方斎がやってくるまでにどうにか肖像画をもとにもどさねば・・・。そこでドクたまたちはいろいろためしてみるが、どんどんひどくなるばかり。そこで、絵のうまい乱太郎（らんたろう）の存在（そんざい）を思い出す。

釣（つ）りをしようと乱太郎（らんたろう）たちは池へやってきた。するとそこには、泣きながらひとり釣りをしているドクたまのしぶ鬼（しぶき）がいた。父親といっしょに来ようと約束（やくそく）していたが、きゅうな仕事で来れなくなってしまったのだ。そこへドクたまのふぶ鬼（ふぶき）もやってきて泣きだした。いったい何があったのか？

「台風にそなえて戸締り（とじまり）を強化（きょうか）するように」と学園長（がくえんちょう）。しかし、いつもの思いつきと忍術学園のみんなはだれも本気にしない。そこで学園長は、巻物（まきもの）をひろげ、手を組（く）み、目を閉（と）じ、空に向かって息をはいた・・・。するとみるみるうちに黒雲が空全体をおおいはじめた。

食堂のおばちゃんのお使いで忍たまたちが浜辺（はまべ）にやってくると、巨大（きょだい）なサメがあらわれたので漁（りょう）ができず、途方（とほう）にくれる海賊（かいぞく）さんたちがいた。あとからやってきた斜堂（しゃどう）先生もくわわり、巨大なサメを退治（たいじ）しよう！と力をあわせて立ち向かう。

しんべヱがご飯を食べたがらない！心配（しんぱい）したしんべヱのパパもかけつけた。乱太郎（らんたろう）たちもあれこれ理由をたずねるが、しんべヱは話したがらない。心配のあまり、しんべヱのパパは乱太郎たちにあることをお願いする。さて、うまくいくのだろうか？

刀鍛冶（かたなかじ）の六道辻ヱ門（ろくどうつじえもん）が、大切な刀を八方斎（はっぽうさい）とドクタケ忍者にうばわれてしまった。話を聞（き）いた山田先生の号令（ごうれい）で忍たまたちは、八方斎たちを探すことになった。すると、岩かげのむこうから「ガハハハハハ・・・」耳なれた豪快（ごうかい）な笑い声が聞こえてきた。