しっかり者のカメ子（こ）としんべヱのパパが忍術学園（にんじゅつがくえん）にやってきた。しんべヱのパパには最近（さいきん）悩（なや）みがあるらしい。しんべヱも同じことを思っていたその悩みとは？

「今日（きょう）の夕食（ゆうしょく）はおばちゃんの天丼（てんどん）！」いそぎ足（あし）の乱太郎（らんたろう）は、森（もり）の中（なか）でぐうぜんにもドクたまたちのあらそう声（こえ）を聞（き）いた。いっこくも早（はや）く帰（かえ）りたい乱太郎だが、ほうっておくことができず・・・。

深夜（しんや）の裏山（うらやま）で火ばしらがあがった。翌朝（よくあさ）忍たまたちは、いつもとちがう伝書鳩（でんしょばと）の様子（ようす）に気（き）がついた。どうやらドクタケ忍者たちが、なにやらたくらんでいるらしい。

学園長（がくえんちょう）の友人（ゆうじん）の十三回忌（じゅうさんかいき）におともすることになったくノ一（くのいち）三人組（さんにんぐみ）。ひょんなことから墓（はか）そうじをすることに。ごほうびを楽（たの）しみにがんばるくノ一たち。ところがあやしげにわらう学園長（がくえんちょう）と和尚（おしょう）。はたして？

堺（さかい）からしんべヱのパパの紹介（しょうかい）だという商人（しょうにん）がやってきた。きり丸を一流（いちりゅう）の商人（しょうにん）に育（そだ）てたいとスカウトにきたらしい。乱太郎（らんたろう）はしんべヱを身代（みが）わりに仕立（した）てことわろうとするが・・・。

忍術学園（にんじゅつがくえん）の、学級委員長（がっきゅういいんちょう）の選挙（せんきょ）が近（ちか）づいてきた。庄左ヱ門（しょうざえもん）は「ほかの人たちにも学級委員長をやってもらわないと」と言いだす。一年は組のあたらしいリーダーになるのははたして誰？

山田（やまだ）先生が教（おし）え子（ご）のうなぎやへ、土井（どい）先生をさそった。しかし忍（にん）たまたちに知（し）られると「ぼくも行きたーい、連れてってー」と大さわぎになってしまう。そこでふたりは、だれにも見つからないように忍術学園（にんじゅつがくえん）の脱出（だっしゅつ）をこころみる。

乱太郎（らんたろう）と母ちゃんは、仕事（しごと）で合戦場（かっせんじょう）にでかけ、いつまでももどらない父ちゃんを探（さが）し行（い）くことにした。はげしい戦（たたか）いの中（なか）、はんじょうしているお弁当屋（べんとうや）さんを発見（はっけん）。そのお弁当屋さんの正体（しょうたい）は？

土井（どい）先生から宿題（しゅくだい）を出（だ）された一年は組の忍たまたちは、図書室（としょしつ）に行（い）って調（しら）べることにした。するとそこに、かなり曲者（くせもの）の図書委員長（としょいいんちょう）がぶきみなわらいをうかべてまちかまえていた。

とつぜん、乱太郎（らんたろう）が連（つ）れ去（さ）られた。ドクたまたちの仕業（しわざ）らしい。一年は組のみんなが救出（きゅうしゅつ）にむかうことになった。ところが、ドクたまたちの実力（じつりょく）を知っている乱太郎は、ドクたまたちに力（ちから）をかすことにする。