忍術学園の手裏剣（しゅりけん）が全部なくなってしまった。昨日の倉庫（そうこ）のそうじ当番は、乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱの三人。道具管理主任（どうぐかんりしゅにん）の吉野先生（よしのせんせい）は、忍たまを信じるべきかうたがうべきか悩んでしまう。

合戦場（かっせんじょう）で忍術（にんじゅつ）の実習訓練（じっしゅうくんれん）をしている六年生のために、食堂のおばちゃんがおべんとうを作った。乱太郎（らんたろう）と庄左ェ門（しょうざえもん）がおべんとうをとどけることになったのだが…。

竜王丸（りゅうおうまる）さんが忍術学園にやってきた。竜王丸さんは、学園長の若いころからの友人で、“忍術学園のドラゴン”と呼ばれた、天才忍者だ。一年は組は、とくべつに竜王丸先生の授業を受けられることになった。

好きという気持ちを伝えるのは、やっぱりラブレター？ラブレターをもらったことがないのに、いきおいでもらったことがあると答えてしまったユキ。シゲとトモミにもらったことのないラブレターを見せることになってしまった。

喜三太（きさんた）のひいひい婆（ばあ）ちゃんは、風魔忍者（ふうまにんじゃ）の山村家（やまむらけ）を、早く喜三太についでもらいたいと思っている。風魔には、風魔まんじゅうや風魔しるこがあるという。しんべヱは、山村家の後継ぎ（あとつぎ）になりたくなる。

乱太郎（らんたろう）の母ちゃんに忍者の仕事（しごと）の依頼（いらい）がはいった。ある商品の市場調査（しじょうちょうさ）をするのだという。だんだん心配になってきた父ちゃん。はたして母ちゃんひとりで大丈夫なのだろうか？

うぬぼれの強い滝夜叉丸（たきやしゃまる）は、忍術学園でもっとも優秀（ゆうしゅう）な上級生（じょうきゅうせい）は自分だと思っている。そこで、滝夜叉丸が本当に優秀な上級生なのかを証明（しょうめい）することになったのだが…。

兵庫水軍（ひょうごすいぐん）をまとめる総大将（そうだいしょう）の兵庫第三協栄丸(ひょうごだいさんきょうえいまる)が、海賊（かいぞく）をやめたいと言い出した。海賊の総大将としての自信（じしん）が持てなくなったらしい。

忍術学園のくノ一（くのいち）教室の忍たまを連れてきて、ドクタケくノ一忍者部隊（ぶたい）にしたてることになり、ドクタケで一番（いちばん）優秀な忍者、キャプテン達魔鬼（たつまき）が動き出した。

明日、火縄銃（ひなわじゅう）の筆記テストがある。乱太郎（らんたろう）たちは庄左ェ門（しょうざえもん）に勉強を教えて欲しいとたのむのだが、庄左ェ門には乱太郎たちに勉強を教えられない理由があった。