きり丸が、忍者募集（にんじゃぼしゅう）のはり紙を見つけてきた。だが、忍者を大っぴらに募集するなんて、どう考えてもおかしなはなしなのだが…。

乱太郎（らんたろう）が、母ちゃんといっしょに忍者募集の説明会（せつめいかい）に行ってみると、いままでに知り合った、忍者たちもたくさんあつまっていた。

あつめられた忍者たちのはじめのしごとは、出城（でじろ）にしのびこんで、中にかくしてある秘密文書（ひみつぶんしょ）を取ってくるというもの。その出城にはわながしかけられているのだという。

今回の忍者募集、乱太郎（らんたろう）は説明会のときから気になっていることがあった。雇い主（やといぬし）は黒覆面（くろふくめん）をかぶっていて顔はわからないのだが、誰かに似ている気がしていたのだ。

学園中でいろんなものがなくなった。教科書の“忍たまの友”、土井（どい）先生のチョーク、山田（やまだ）先生の女装道具（じょそうどうぐ）などなど。食堂のおばちゃんが倉庫（そうこ）のまえをとおりかかると、中からなにやら物音が…。

戸部先生（とべせんせい）の剣の腕前は超一流（ちょういちりゅう）。戸部先生を尊敬（そんけい）する金吾（きんご）は、休みの日をりようして戸部先生のところに剣の修行（しゅぎょう）にいく。

戸部（とべ）先生の家の近くで、花房牧之介（はなぶさまきのすけ）と強そうなおばさんの決闘（けっとう）がはじまった。牧之介は手加減（てかげん）をすると言っているが・・・。

強そうなおばさんと牧之介（まきのすけ）の対決に、おおぜいの人が集まった。これだけの人が集まれば、まんじゅうもたくさん売れる。ところが対決に気を取られたきり丸は、せっかくの銭（ぜに）もうけのチャンスをのがしてしまう。

ペットのナメクジたちが運動不足（うんどうぶそく）にならないように、喜三太（きさんた）はナメクジたちに体操（たいそう）をさせることを思いついた。

四年い組の滝夜叉丸（たきやしゃまる）が忍術学園を卒業（そつぎょう）すると言い出した。うぬぼれの強い滝夜叉丸は、卒業して実戦（じっせん）でデビューするのだという。