しんべヱの妹のカメ子が相談（そうだん）にやってきた。最近、堺にあるしんべヱの実家、福富屋（ふくとみや）にだいじな海産物（かいさんぶつ）が届かなくて困っているのだという。

海産物（かいさんぶつ）が届かないのは、海の妖怪（ようかい）トモカヅキのさわぎとなにか関係があるのかもしれない。そこで、陸（おか）チームと海チームにわかれてトモカヅキの正体をしらべることになった。

しらべてみると、海底（かいてい）にたくさんの石火矢（いしびや）がかくされていることがわかった。このあたりの海を支配しようとたくらむどこかの城が、こっそり戦（いくさ）の準備（じゅんび）を進めていたのだ。

海底に石火矢をかくし人を近づけないようにしていた城も、トモカヅキの正体もわかった！それは、前にも兵庫水軍（ひょうごすいぐん）の大安宅船（おおあたけぶね）の設計図をうばおうとしたヤケアトツムタケの忍者たちだった。

山田（やまだ）先生にしかできない作戦がきいて、ヤケアトツムタケ忍者をやっつけることに成功（せいこう）した。もとの平和な海にもどしたことをみとめられ、学園長からみんなにごほうびが出ることになったのだが…。

10日前からはり出されていたという校外学習（こうがいがくしゅう）のお知らせを、一年は組の忍たまはだれも見ていない。事務員（じむいん）の小松田（こまつだ）さんは、みんなに見えるところにはったというのだが…。

校外学習の集合場所（しゅうごうばしょ）は“キノコ山の頂上（ちょうじょう）”。集合時間は“明日の日の出”だという。今すぐに出発しないとまにあわない。いそいでしたくをして、キノコ山の頂上をめざす！

忍者にとって、運（うん）があるかないかをはやく知ることはとても大切（たいせつ）なことだ。学園長は、全学年、全クラスの忍たまたちで勝ちぬき運だめしマラソンをすることを思いついてしまう。

勝ちぬき運だめしマラソンでは、水をとる給水（きゅうすい）ポイントでも運がためされる。ひとつはふつうの麦茶（むぎちゃ）、もうひとつはカラシ入りの麦茶、のこりの一つはわさび入りの麦茶が入っているのだ。

勝ちぬき運だめしマラソンは、ゴールまでの道のりもじぶんでえらんで行かなければならない。コースは3つある。ちか道（みち）とまわり道と超まわり道。勝ちぬいて一番にゴールできるのは、いったいだれ？