忍術学園のもと教師（きょうし）、大木先生（おおきせんせい）が作ったラッキョウを、くノ一教室のユキ・トモミ・シゲがラッキョウ娘として売ることになった。

陸（おか）に上がると陸酔（おかよ）いする海賊（かいぞく）の鬼蜘蛛丸（おにぐもまる）さんが、海から忍術学園まで苦手な陸の道を歩いてきた。陸酔いをなおすための修行だという。

おつかいのとちゅうで団子屋（だんごや）を見つけた乱太郎（らんたろう）たち。そのおつかいの帰りに団子屋（だんごや）に行くと、店の中から楽しそうな笑い声が聞こえてきた。

抜天坊（ばってんぼう）にだまされた農家の人が、家を取られそうになっていた。抜天坊が評判（ひょうばん）の悪い金貸しだということを知らなかったのだ。

庄左ェ門としんべヱと喜三太（きさんた）がまんじゅうを買いにいくと、ドクたまのしぶ鬼（しぶき）とふぶ鬼（ふぶき）と山ぶ鬼（やまぶき）もまんじゅを買いに来ていた。まんじゅうは５個しかない。そこで、忍術で勝負をすることに…。

近ごろ、ドクタケ忍術教室の魔界之小路（まかいのこうじ）先生がたくさんの宿題をだしてくる。そのため、ドクたまは、あそぶ時間やねる時間がなくなってしまう。

ドクたまにたくさんの宿題を出したり、忍術学園に古くから伝わる忍術の秘伝書（ひでんしょ）をぬすみに来たり、魔界之（まかいの）先生の様子がおかしい。いったいなにがあったのだろう？

ドクタケ忍術教室の校長で、ドクタケ忍者隊首領の稗田八方斎（ひえたはっぽうさい）は、忍術学園に古くから伝わる忍術の秘伝書を手に入れて、ドクタケ忍者を最強の忍者隊にしようとしていた。

杭瀬村（くいせむら）でラッキョウを作っている大木（おおき）先生のところに、花房牧之介（はなぶさまきのすけ）がやってきた。ラッキョウ作りの弟子にして欲しいと言うのだが…。

六年生のテストで、一年は組の忍たまが人質役（ひとじちやく）をすることになった。一年生にとって六年生の技が見られるチャンス。しんべヱと喜三太（きさんた）も、誰が助けにくるのかわくわくしていた。