学級委員長の庄左ェ門（しょうざえもん）と忍者犬（にんじゃけん）のヘムヘムがドクタケ忍者に連れ去られた。しかしヘムヘムをのこし庄左ェ門はすぐに追いはらわれる。

いつも明るい六年ろ組の七松小平太（ななまつこへいた）の元気がない。臨時で一年は組に編入し、乱太郎（らんたろう）たちといっしょに校外実習訓練（こうがいじっしゅうくんれん）の授業をうけることになった。

山田（やまだ）先生の息子でフリーの売れっ子プロ忍者・利吉（りきち）さんが、忍術学園にやってきた。山田先生に母上のグチを言ったり、食堂のおばちゃんのランチを食べたり、いったいなにをしに来たのだろうか？

裏々山（うらうらやま）の方で、煙（けむり）が立ちのぼっているのが見える。なにかを知らせるための煙かもしれない。山火事かもしれない。なんの煙なのか調べに行くと…。

土井（どい）先生の家にあやしい人物が住みついているという連絡が隣の家のおばちゃんからはいった。おばちゃんによるとその人物は、侍のようにも、農民のようにも見えるという。

忍術学園を偵察（ていさつ）するために、草むらにかくれていたドクササコ忍者。ところが山田（やまだ）先生に見つかってしまう。開き直ったドクササコ忍者は全員で手裏剣を投げてきた！

しんべヱの妹のカメ子が、パパの言いつけでしんべヱの様子を見にやって来た。しんべヱはみんなに協力してもらって、優秀（ゆうしゅう）な忍たまになりきる。

乱太郎（らんたろう）の父ちゃんの友だちで、忍者仲間の井上（いのうえ）さんが村の人たちに追いかけられていた。忍者の仕事をしているようには見えない。なにか理由がありそうだ…。

裏々山までマラソンを行うことになった。団蔵（だんぞう）はスタートのときに、学園長がぶきみに笑っているのを目撃（もくげき）。このマラソンには、特別なワナがしかけてあるのかもしれない。

ドクタケ忍術教室で、本物のドクタケ忍者の仕事を見学することに。その仕事とは、忍術学園の食堂のおばちゃんのぬかみそ漬けを盗んでくること。そしてそれを命じられたのはふぶ鬼（ふぶき）の父ちゃんだった。