さい近太り気味（ぎみ）のしんべヱ。スリムになり、ゆうしゅうな忍者になりたいと考えた。乱太郎（らんたろう）、きり丸に手伝ってもらいダイエットすることにした。まずは間食（かんしょく）をやめることからはじめることになった。乱太郎、きり丸が、かくしてあったおやつをかたづけようとすると・・・。

学園長に頼まれ、新しくできたまんじゅう屋にやって来た乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。ところが、口から火が出るほどからいおまんじゅうだったのだ。このままではお駄賃がもらえないと考えた三人は、店主に甘いおまんじゅうを作ってくれるよう頼み込んだ。

連休（れんきゅう）で家に帰っていた乱太郎（らんたろう）が忍術学園にもどろうと歩いていると、旅（たび）すがたのおばさんが声をかけてきた。くノ一の先生としてやってきたので、学園まであん内してほしいといわれた乱太郎。ところがそこへむかえがやってきた。そのむかえとは・・・ドクたまたちだった。

堺（さかい）の商人しんべヱのパパが、通信販売（つうしんはんばい）で臼砲（きゅうほう）を取りあつかうことになった。さっそくドクタケ忍術教室が臼砲をこう入したらしい。城ぜめを考えているのだろうか？土井(どい)先生と乱太郎たちは、ていさつに出かけることにした。

土井（どい）先生と乱太郎たちが、ドクタケ忍術教室をこっそりのぞいているとそこには乱太郎がであったくノ一の先生の姿が・・・。どうやらドクたまの山ぶ鬼（やまぶき）に忍術をおしえるようだ。おばさんくさい格好や話をしているが実はできるくノ一らしい・・・？

一年は組のランニング中にきり丸がいなくなった。とちゅうの森の中で、銭（ぜに）もうけのためのきのこをとっているらしい。心配（しんぱい）した山田（やまだ）先生、乱太郎（らんたろう）、しんべヱがさがしに行くと、ものすごいいきおいできり丸がとび出してきた。へんな声が聞こえてくるというのだ。

しんべヱの妹・カメ子が見かけたドクタケ忍者は、何かを沼（ぬま）にしずめていった。山田（やまだ）先生の指示（しじ）で引き上げることになったが、ただばたらきで力の出ないきり丸。ところが「あの重（おも）さは金め（かねめ）のもの」というカメ子の言葉（ことば）にきり丸のドケチパワーがさくれつした。

忍たま長屋の大そうじ中、乱太郎（らんたろう）たちは、つづらにひそんでいたくせ者を発見した。あっという間ににげていくくせ者。その気配（けはい）には、道具（どうぐ）管理主任（かんりしゅにん）の吉野（よしの）先生、くノ一たち、食堂（しょくどう）のおばちゃん・・・学園のあちらこちらで気づいている人がいた。

みんながくせ者の気配（けはい）を感じたのは昼間ばかりだった。どうやら夜にはまったく活動（かつどう）しない完全（かんぜん）昼型（ひるがた）の忍者らしい。山田（やまだ）先生、土井（どい）先生の指示（しじ）で全力をあげてくせ者を追うことになった一年は組。くせ者はいったいどこにいるのだろうか？

喜三太（きさんた）が行方不明（ゆくえふめい）になってしまった。さいごに見かけたのは乱太郎（らんたろう）たちだった。庭（にわ）先のトイレの前でジェスチャーをしているのを、あそんでいるのかとかんちがいした乱太郎たち。ところがそれは声を出せないじょうきょうの喜三太からのメッセージだったのだ！