裏山（うらやま）のマラソン実習（じっしゅう）中、庄左ェ門（しょうざえもん）は、さびしそうな八方斎（はっぽうさい）にそうぐうした。しぶしぶ話を聞いてみると、ドクタケ城（じょう）を出てきたので、忍術学園で教師（きょうし）としてしゅうしょくしたい、と言う。こまりはてた庄左ェ門は・・・。

夜間ぬきうちくんれんが３日つづいた後の自由研究（じゆうけんきゅう）時間。は組の生徒（せいと）たちはうたたねをしていた。そのすきに喜三太（きさんた）のなめくじさんたちがつぼからにげ出した。それに気付いたしんべヱはひとりでなめくじさんたちの後を追（お）ったが・・・。

金楽寺（きんらくじ）までお使（つか）いをたのみたい学園長。小松田（こまつだ)さんにたのもうとしたが、どうもふあんになってきた。そこで乱太郎（らんたろう）たちにいっしょに行くようにたのんだ。ところが乱太郎たちのしっぱいを思い出し、ますますふあんになった学園長は？

食堂（しょくどう）から楽しそうなわらい声。乱太郎（らんたろう）たちとくノ一三人組はなにやらもり上がっていた。ふとユキがこの間のテストのことを思い出した。くノ一たちに勉強（べんきょう）を教えてもらった乱太郎たちだが三人ともけっかはさんざんだった。それを知ったくノ一たちは大さわぎに・・・。

乱太郎（らんたろう）たちが庭（にわ）そうじをしていると、見たことのない男子がやってきた。学園の下見にやってきたという転校生（てんこうせい）の冬ノ介。実は変装（へんそう）のテストにそなえた練習（れんしゅう）中のユキだった。まったく気づかない乱太郎たち。変装の天才！と、すっかり気をよくしたユキ。ところが・・・。

親のかたきを追い続け６０年。青春を取りもどしたいさゆりちゃんが、忍たまになりたい！と学園にやってきた。学園長のゆるしをもらい、一日体けん入学をしたさゆりちゃん。土井（どい）先生のぬきうちテストにとつぜんおこり出した。いったいどうなるのか？

父ちゃんが乱太郎（らんたろう）に会いに学園にやってきた。花房牧之介（はなぶさまきのすけ）が、いつも乱太郎のお世話をしているととつぜん家におしかけてきたらしい。おまけにすっかりいついてしまった。話を聞いていた戸部（とべ）先生は牧之介をたいじしてくれるという。

兵庫第三協栄丸（ひょうごだいさんきょうえいまる）さんが、新せんな魚をたくさん持って忍術学園にやってきた。海ぞくの仕事（しごと）がしばらくないので、ゆっくりしていくことになった。そんなやさき・・・こっそり鬼蜘蛛丸（おにぐもまる）さんがたずねてきた。

明日は手裏剣（しゅりけん）のテスト。不合格者（ふごうかくしゃ）には、校庭２０しゅうのおしおきが待（ま）っている。食堂（しょくどう）では手裏剣の苦手（にがて）な兵太夫（へいだゆう）がしょんぼりしていた。そこで三治郎（さんじろう）や乱太郎（らんたろう）たちは兵太夫をはげまし練習（れんしゅう）をすることになった。それを知ったは組のみんなは・・・。

急（きゅう）な学園長の思いつきで裏々（うらうら）山までマラソンをすることになったは組。ちょう上では食堂（しょくどう）のおばちゃんがおにぎりを作って待（ま）っていてくれるらしい。早いもの勝ちと聞いてはりきる乱太郎たち。中でもしんべヱはすごいスピードでがんばっていた。ところが・・・？