金楽寺（きんらくじ）の和尚（おしょう）さんから学園長に、掃除（そうじ）の手伝いをおねがいしたいと手紙が来た。山本（やまもと）シナ先生といっしょに乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ、そしてくノ一三人組が、学園を出発した。ところが、ころころすがたを変（か）える山本先生にみんなはてんてこまいで・・・。

乱太郎（らんたろう）の母ちゃんが、たくさんの野菜（やさい）を荷車（にぐるま）に積（つ）んで忍術学園にやってきた。父ちゃんとけんかをしてしまい、しばらく帰らないという。乱太郎の心配（しんぱい）をよそに母ちゃんは、食堂（しょくどう）のおばちゃんと夕食のしたくを始（はじ）めた。

乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱが歩いていると「大変（たいへん）じゃー」とおばあさんがすごいスピードで走り去（さ）っていった。追（お）いついた乱太郎が事情（じじょう）をきいてみると、神社（じんじゃ）のこま犬が動（うご）いたらしい。さっそく三人は神社へ向（む）かうことにした。

山田（やまだ）先生の授業（じゅぎょう）で木の葉（は）がくれの実習（じっしゅう）が行われた。そのさい中、岩かげにかくれているドクたまたちを乱太郎が見つけた。どうやら忍たまの授業をていさつに来ているらしい。山田先生は、「見なかったことにしよう。」というのだが・・・。

乱太郎（らんたろう）たちが掃除（そうじ）をしていると、おなかがいたくてたまらない事務員（じむいん）の小松田（こまつだ）さんが通りかかった。思いあたることはないらしい。そこへしょんぼりとヘムヘムがやってきた。学園長にひどいことを言われたらしい。

学園長によばれた乱太郎（らんたろう）たち。竜王丸（りゅうおうまる）さんに手紙をとどけ、その返事（へんじ）をもらってくることになった。かんぺきなお使（つか）いをめざす三人。わき目もふらずにぶじに竜王丸さんの家に到着（とうちゃく）した。ところが家の中はちらかり放題（ほうだい）。いったい何が起（お）こったのか？

お使（つか）いを終（お）えた乱太郎（らんたろう）たちが、団子屋（だんごや）で一服（ぷく）していると、手裏剣（しゅりけん）で忍者（にんじゃ）ごっこをしているこどもが・・・。町で売られていたというその手裏剣は、なんと忍術学園のものだった。そこで乱太郎たちは、さっそくその店に行ってみることにした。

久しぶりに山田（やまだ）先生に会いにやって来た利吉（りきち）さん。ところが、どちらの仕事が大変か？ということでけんかをはじめてしまった。そこで山田先生は忍者の仕事、利吉さんは忍術学園の講師・・・と二人の仕事を交替してみることにした。　

乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ、はちや三郎（さぶろう）先輩に滝夜叉丸（たきやしゃまる）先輩の５人は、おつかいをたのまれ、大木（おおき）先生の所へラッキョウをもらいに行くことになった。ところが大木先生は、ラッキョウを盗まれふて寝していた。

しんべヱのもとに、「階段から落ちて足を骨折した。」と堺のパパから手紙が届いた。一刻も早く帰りたいしんべヱ。その様子を心配した山田先生、土井先生。そこで一年は組は、社会見学を兼ねて堺の港へしんべヱといっしょに出かけることになった。