乱太郎（らんたろう）は、食堂でしんべヱが大きな魚の骨を食べようとするのを見て、驚く。しんべヱは、食堂のおばちゃんが「お残しは許しまへんでー！」と言うので残してはいけないと思い、普通は誰も食べないような固い物まで食べていたと言うのだ。

「みんなに笑われたので、家に帰ります。」と置き手紙を残し出て行ってしまったしんべヱ。責任を感じた食堂のおばちゃんと乱太郎（らんたろう）、きり丸がしんべヱの後を追いかけるが・・・。

しんべヱのパパさんは、しんべヱが行方不明と聞き、心労で寝込んでしまう。食堂のおばちゃんも「すべては私の責任。」と思い詰めて寝込んでしまい、乱太郎（らんたろう）ときり丸は心配する。そこへおなかをすかせた戸部（とべ）先生がやって来て・・・。

休日、きり丸が引き受けたアルバイトの洗濯物がたまってしまい、乱太郎（らんたろう）としんべヱが手伝うことに。土井（どい）先生の洗濯物も引き受けて、川辺で洗濯していたきり丸たちは、以前、土井先生に洗濯物でお世話になったことを思い出す。

学園長先生の突然の思いつきで、放課後、「一、二年合同、クラス対抗勝ち抜き手裏剣コンテスト」が行われることに。お手伝いをしたことで、食堂のおばちゃんにおなかいっぱいおだんごをおごってもらう約束をしていた喜三太（きさんた）は・・・。

ドクタケ忍者の風鬼（ふうき）は、魔界之（まかいの）先生のお尻に手裏剣を投げて叱られる息子のふぶ鬼（ふぶき）を見て、ある決心をする。忍術学園では、学園長先生に金楽寺（きんらくじ）の和尚様から「カエルが異常発生して困っている」との手紙が届く。

ドクタケ忍者の風鬼（ふうき）は息子のふぶ鬼（ふぶき）に手裏剣の特訓をする。それを木陰から見ていた乱太郎（らんたろう）は、自分も父ちゃんに忍術の特訓を受けたことを思い出す。風鬼とふぶ鬼が激しく対立するのを見て乱太郎は・・・。

乱太郎（らんたろう）は、「父親が忍者でも立派な忍者になった人がいる。」とふぶ鬼（ふぶき）を利吉（りきち）さんに会わせようする。二人は、利吉さんが出場しているシイタケ城主催の忍術コンクールの会場に出かけるが・・・。

朝、学園長先生とヘムヘムが井戸で顔を洗っているところへ眠気が覚めずにやって来た乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。だらけた三人の態度に怒った学園長先生は、たるみきった忍たまたちを張り切らせる「素晴らしい思いつき」を考えようと・・・。

乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱは、土井（どい）先生から「猫の目時計」観察の補習授業を言い渡される。なかなか見つからない猫に、きり丸が「ドケチのおりんさんが飼っている銭丸（ぜにまる）を借りよう！」と提案する。