庄左ェ門（しょうざえもん）は、学園長先生から金楽寺（きんらくじ）の和尚様へのお使いを頼まれ、乱太郎（らんたろう）を誘う。乱太郎は、学級委員長の庄左ェ門はしんべヱと違って、茶店に寄っておだんごを食べようとは言わないだろうと思っていたら・・・。

金楽寺（きんらくじ）の和尚様が何者かに連れ去られたらしいとのことで、学園長先生の命令で全忍たまで和尚様の行方を捜すことに。金楽寺に遅れて到着した一年は組は手掛かりを見つけられない。そこへ六年生の潮江（しおえ）先輩が現れて・・・。

しんべヱと喜三太（きさんた）は、釣りをしている二年生の三郎次（さぶろうじ）先輩と出会う。しんべヱが金楽寺（きんらくじ）の和尚様を捜さなくていいのかと尋ねると、三郎次先輩は、六年生にはかないっこないから釣りをしているのだと言う。

乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱは、山田（やまだ）先生の補習授業で、裏々山の一本杉までマラソンで往復することに。走るのが遅いしんべヱが息を切らしていると、いつのまにか見知らぬ小さな男の子が後ろにいて・・・。

学園長先生におつかいを頼まれた乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。乱太郎たちは帰り道、おだんごがおいしいと評判の新しく出来た茶店に、学園長先生とヘムヘムが人目を避けこっそり入ろうとしているのを見かけて・・・。

ドクタケ忍者隊の首領、稗田八方斎（ひえたはっぽうさい）は、若いドクタケ忍者の骨が弱くなっているのを痛感する。八方斎は、兵庫（ひょうご）水軍の総大将が「海はカルシウムの宝庫」と言っていたことを思い出し・・・。

兵庫第三協栄丸（ひょうごだいさんきょうえいまる）さんと海釣りをした乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱは、釣った魚を忍術学園に持ち帰る途中、道端で苦しんでいるおばあさんを発見する。おばあさんは、かかわり合わずに行くよう言うのだが・・・。

乱太郎（らんたろう）たちは、おなかを壊したというおばあさんとかかわり合いになった帰り道、魚を積んだ荷車が前よりも重くなったように感じる。坂を上り切れずに転がり落ちてしまった乱太郎たちは、魚が石に入れ替えられているのを発見する。

授業を始めようとした土井（どい）先生は、乱太郎（らんたろう）に、朝から鐘がなっていないと告げられる。もしかしたらヘムヘムが病気かもしれないと、土井先生が様子を見に行くと、学園長先生とヘムヘムが高いびきで寝ていて・・・。

自称「天下の剣豪」、牧之介（まきのすけ）が茶店でおだんごを食い逃げしようとしたとして、茶店の主人に連れられ忍術学園にやって来る。牧之介は、財布を落としたので、戸部（とべ）先生におだんご代を借りに来たと言うが、戸部先生は出張中で・・・。