楽しかった休みも終わり、明日から忍術学園の新学期という日。乱太郎（らんたろう）たちはいつものように待ち合わせをするが、きり丸が姿を見せない。近くまでいっしょに来たという土井（どい）先生が話すには・・・。

ハチミツを売って銭もうけをしようとハチの巣を取って来たきり丸。乱太郎（らんたろう）たちはハチの大群に追われながら忍術学園に走り込み、大混乱になる。新学期の最初の授業で、一年は組の忍たまたちは「忍者の走り方」を教わることになった。

一年は組の忍たまたちは、学園長命令により、裏々山の山小屋まで「うしろ走り遠足」をすることになった。同じ頃、ドクタケ忍術教室の魔界之（まかいの）先生は、ドクたまたちに大砲の撃ち方を教えていたのだが・・・。

森の中で、迷子になってしまった乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。きり丸としんべヱは、ドクたまのワナに引っかかって捕まってしまう。何とか逃げて来た乱太郎は、団蔵（だんぞう）たちとともに、山田(やまだ)先生と土井（どい）先生に事情を知らせる。

魔界之（まかいの）先生が山田（やまだ）先生たちにきり丸としんべヱの安全を約束したため、授業の一環として、ドクたまからきり丸、しんべヱを救出することを目的とした「忍たま対ドクたまの戦い」が行われることに。ドクたまたちは早速、作戦会議を開く。

事務員の小松田（こまつだ）さんが夢を見てうなされていた。このところ、新鮮な魚を食べていないので、タコや魚が夢に出てくるという。そこで、小松田さんが兵庫第三協栄丸（ひょうごだいさんきょうえいまる）さんのところに、魚を仕入れに行くことに・・・。

乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱと事務員の小松田（こまつだ）さんは、一人で海に出て船酔いしていた第三協栄丸（だいさんきょうえいまる）さんを助ける。他の海賊さんたちはアルバイトの誘いに乗り、出稼ぎに行ったまま帰って来ないというのだ。

海賊さんたちを連れ戻しに出かけた乱太郎（らんたろう）ときり丸は、ほおかぶりをした親分に捕まり洞くつの中に閉じ込められてしまう。親分が乱太郎たちの名前を呼んだことから、顔見知りであることにまちがいない。そこへ現れたのは・・・。

学園長先生より「早起きは三文の徳。三文の徳を得るように早起きを心がけなさい！」と言われた一年は組の忍たまたち。それを聞いてきり丸は、「早起きすると三文得をする。早起きした者に学園長先生が三文くださる。」ということだと解釈して・・・。

一年は組以外は風邪で学級閉鎖になった忍術学園。乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱは、風邪をひいて寝込んでいる忍たまたちが授業がない上に、食堂のおばちゃん特製のとびっきりおいしいおかゆを食べられるのをうらやましく思って・・・。