忍術学園の学園長のところへ、兵庫水軍の第三協栄丸（だいさんきょうえいまる）さんがお願いにやって来る。魚料理にあきたので水軍をやめたいと言い出した仲間たちを引きとめるために、食堂のおばちゃんを二、三日貸してほしいというのだ。

食堂のおばちゃんの代わりに、黒古毛般蔵（くろこげぱんぞう）先生が水軍のために料理を作ることになり、乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱも同行する。到着すると留守番が、山の料理が食べたいとみんな山賊のいる山へ行ってしまった、と告げる。

乱太郎（らんたろう）たちは、水軍を連れ戻すため山賊の元へ向かう。実は、山賊の親分の弟が人員を増やそうと水軍に潜入しそそのかしていたのだ。黒古毛（くろこげ）先生は、水軍たちにわざとまずい山賊料理を食べさせ海に帰らせようとするが・・・。

しんべヱは自分だけテストの点が悪いことにショックを受ける。実技の授業でも失敗してすっかり自信を無くしたしんべヱを心配して、乱太郎（らんたろう）ときり丸は、土井（どい）生たちに相談に行く。そこへ学園長が現れ、ある作戦を授ける。

学園長のホメホメ作戦で、自信満々になり過ぎたしんべヱ。ある日、忍術学園の校門前に山賊が現れ、悪さをする。自分が立派な忍者だと思い込んでいるしんべヱは、「得意の忍術」の数々で、山賊を退治しようとするのだが・・・。

木枯らし吹く寒い日。学園長は昨年暮れ、金楽寺（きんらくじ）で和尚さんにごちそうになった寄せ鍋の味を思い出す。もう一度食べたいと思った学園長は、その時使われた唐渡りの鍋を借りてくるよう、乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱを使いに出す。

乱太郎（らんたろう）たちは金楽寺（きんらくじ）の蔵の中を探すが、唐渡りの鍋は見つからない。大切な鍋を失くしたショックで、和尚さんは気分が悪くなり倒れてしまう。医者を呼びに行った乱太郎たちが教えられた「町で評判の医者」とは・・・。

唐渡りの鍋を売っていたのはおりん婆（ばあ）さんだということがわかり、乱太郎（らんたろう）たちはおりん婆さんに事情を聴く。おりん婆さんは、鍋は盗んだのではなく、今年の夏、金楽寺（きんらくじ）の前で拾ったのだと話す。その話に乱太郎たちは・・・。

乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんベヱは、学園長命令の特別補習授業を受けることに・・・。課題は、地図とキシャク（方位磁石）を使って、夕方までに山から学園に戻ること。山田（やまだ）先生たちはいつも迷子になる乱太郎たちを心配する。

山の中で、乱太郎（らんたろう）たちは八方斎（はっぽうさい）率いるドクタケ忍者たちと出くわしてしまう。帰りが遅いのを心配した山田（やまだ）先生たちが山へ向かうと、乱太郎たちはドクタケたちが新兵器を作っている工場に捕らえられていた。