第三協栄丸（だいさんきょうえいまる）さんの所から乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱを迎えに、お使いの人がやって来た。面倒なことに巻き込まれそうで行くのを嫌がる乱太郎たち。ところが協栄丸さんからの手紙を読んだ土井（どい）先生は…。

土井（どい）先生からもらった宝禄火矢（ほうろくひや）で、八方斎（はっぽうさい）を追い払うことに成功した兵庫水軍。一方、食堂のおばちゃんに頼まれて山田（やまだ）先生にお弁当を届けることになった乱太郎（らんたろう）は…。

ドクタケに捕らえられてしまった乱太郎（らんたろう）。ドクタケは、軍船を作ろうと考えていたのだ。こっそり助けにやって来た山田（やまだ）先生は、軍船の設計図を奪うため、利吉（りきち）さんとある作戦を実行しようと考えていた。

は組の馬術の授業中に学園長の思いつきで、サバイバルレースがおこなわれることに・・・。優勝賞品は焼き芋。一斉にスタートした忍たま。トップを走るのは馬借の息子、団蔵（だんぞう）。乱太郎（らんたろう）たちの馬はコースを外れ、草を食べ始めた。

厳しい障害物を前に、らくご者続出のサバイバルレース。最後の難関を前に残った忍たまは、団蔵（だんぞう）、庄左ェ門（しょうざえもん）、乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱの五人だけになった。優勝賞品の焼き芋は、一体誰の手に？

全校あげての校外マラソンの日。山田（やまだ）先生、土井（どい）先生の前を次々に通過するは組の生徒たち。ところが乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱがやってこない。その頃、乱太郎はきり丸に頼まれ、アルバイトを手伝っていた。

八方斎（はっぽうさい）率いるドクタケ忍者が新型の石火矢を入手したことを知った大木（おおき）先生としんべヱ。このままにしておけない、と考えた大木先生は、ドクタケ忍者のもとへしんべヱを送り込む作戦を思いついた。大役を任されたしんべヱは・・・。

無事に八方斎（はっぽうさい）のもとからもどってきたしんべヱ。大木（おおき）先生の作戦がうまくいったのだ。一方、マラソンの最中にいなくなってしまったしんべヱを探しに、心配した乱太郎（らんたろう）ときり丸がやって来た。

一年は組の特別授業のため、徹夜で「ありがたい話」を考えていた学園長。明け方やっと床についたので、寝坊してしまった。学園長が来ないので心配になった乱太郎（らんたろう）たちは、学園長の庵（いおり）へ急いだ。するとそこには…。

忍術学園に帰る途中、道に迷ってしまった乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。ところが今日の三人は、迷った時に役立つ道具をちゃんと準備していた。さっそく帰り道を見つけようと、地図やキシャクを使ってみたのだが…。