山田（やまだ）先生の実技の授業で裏道に落とし穴を作った乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。めったに人が通らないはずなのに、向こうから荷物を担いだおじさんが走ってきた。このままでは危ない！あわてた乱太郎たちはおじさんを止めようと・・・。

今日は山田（やまだ）先生の野外特別訓練。一年は組が出発しようとしていたそのとき、学園長がやって来て中止を言い渡した。いつもの思いつきで将棋をする羽目に・・・。ところが学園長は思いつきではなく、忍術だと言い出した。

明日のテストに備え、夜通し勉強することにした乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。ところが、勉強を始めようとするといつも眠くなってしまうのだ。そこで山田先生に相談したところ、プロの忍者が使う方法を教えてくれた。その方法とは・・・。

久しぶりの忍者の仕事依頼に張り切りすぎ、出かける前に腰を痛めてしまった乱太郎（らんたろう）の父ちゃん。仕方なくお断りすることに・・・。そこで代わりに乱太郎が、きり丸、しんべヱとともにクリタケ城へ向け出発した。