今日まで忍術学園はお休み。家で過ごす最後の日を迎えた乱太郎（らんたろう）。ゆっくりしようと考えていたやさき、母ちゃんからまき割のお手伝いを頼まれた。するとそこへ、いつも乱太郎に一流の忍者になってほしいと思っている父ちゃんがやってきた。

きり丸が取ってきたアルバイトの手伝いが忙しく、休みが終わったことに気づかなかった土井（どい）先生。訪ねてきた乱太郎（らんたろう）としんべヱとともに慌ててきり丸のアルバイト先の合戦場へ・・・。

学園長の思いつきで、一年は組対くノ一教室のマラソン大会が行われることになった。スタートの合図は食堂のおばちゃん。勝ったほうには学園長がすばらしいご褒美をくれることに・・・。途中でおシゲに近道を教えてもらった乱太郎（らんたろう）たちだったが・・・。

だらけている乱太郎（らんたろう）たちに補習を受けさせようと考えた山田（やまだ）先生。ところが学園長から、竜王丸（りゅうおうまる）さんに手紙を届けるように言われ、困ってしまった。なぜなら竜王丸さんは、忍者界のスーパースターだからだ。

五千メートル走の抜き打ちテストで、先頭に踊り出たしんべヱ。いつもと違うしんべヱのようすに驚く乱太郎（らんたろう）、きり丸。熱のせいで優秀な忍たまになってしまったのだ。心配した乱太郎は、嫌がるしんべヱをあるところへ連れて行くことに・・・。

食堂でランチの準備をしていたおばちゃんが何者かに連れ去られてしまった。残されていたのは切りかけの野菜と荷車の跡だった。ランチが食べられずがっかりした乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱはおばちゃんを捜しにでかけることに・・・。

荷車の跡を追っていた山田（やまだ）先生、土井（どい）先生と乱太郎（らんたろう）たち。おなかがすいてしまい、途中の茶屋でお団子（だんご）を食べることに・・・。その茶屋ではまずい料理のせいでカヤタケ城をやめてきた侍たちがお団子を食べていた。 

忍術学園につれてこられたカヤタケ城の殿様。おばちゃんのアイデアで立派な料理人になるため、修業をすることに・・・。一方カヤタケ城は、忍術学園の食堂のおばちゃんにそそのかされて、殿様がいなくなった！と大騒ぎになっていた。

突然、新鮮な魚が食べたくなった学園長。そこでなぜか土井（どい）先生が第三協栄丸（だいさんきょうえいまる）さんの所まで行くことに・・・。一方、学園長から土井先生の秘密任務を手伝うように言われた乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱは・・・。

泳いでいる最中に溺れた第三協栄丸（だいさんきょうえいまる）さん。その口からは大量の水といっしょに水晶の人形が・・・。それは、乱太郎（らんたろう）たちが途中であった郵便屋のアルバイト中の忍者が、失くしてしまい困っていたものだった。