山田（やまだ）先生、土井（どい）先生に、いきなり起こされた一年は組。庄左ェ門（しょうざえもん）チームとしんべヱチームに分かれ、抜き打ちの訓練が行われることに・・・。どちらのチームが先にお地蔵山のお地蔵様に花を供えられるのか・・・。

忍術学園には謎がある。山本先生の愛馬はどこで飼っているのか？きり丸が売りに来るしぼりたてのミルクはどこから持ってくるのか？しんべヱの牛はどこへ消えてしまったのか？そこでくノ一たちは調査に乗り出し、きり丸の後をつけることにした。

裏山で倒れているおじさんに出会った土井（どい）先生と乱太郎（らんたろう）たち。仕方なく忍術学園に連れて行くことに・・・。おじさんの正体は宮中に仕える貴族、南野園是式（なんのそのこれしき）さんだった。ところが、ある事情で落ちぶれてしまい・・・。

有名な詐欺師の駄礼団郎（だれだろう）に屋敷をだまし取られた南野園（なんのその）さんを助けることになった土井先生（どい）と乱太郎（らんたろう）たち。屋敷の庭でしんベヱが消えた。隣の土倉（どそう）を破るため駄礼団郎が掘った穴に落ちたのだ。

土倉（どそう）のお宝を狙っている駄礼団郎（だれだろう）。土井（どい）先生の指導のもと「眠り火の術（ねむりびのじゅつ）」を使い、悪だくみをやめさせることになった乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。準備を済ませ、日が暮れるのを待つことに・・・。