やっと金楽寺（きんらくじ）に到着した乱太郎（らんたろう）ときり丸。ところが和尚さんは、向こうのがけの木にしがみつき助けを呼んでいた。和尚さんを助けるため、乱太郎たちは、教えてもらったばかりの飛行（ひこう）の術（じゅつ）を使うことにした。

土井（どい）先生に叱られ、補修授業を受けることになった乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。そこへ山田（やまだ）先生がやって来た。山田先生にも叱られていたのだ。ところが今度は、戸部（とべ）先生がやって来た。

朝起きてびっくり。しんべヱのまゆげがひどい寝ぐせに・・・。乱太郎（らんたろう）ときり丸が手伝いいろいろやってみたが全く直らない。はずかしがって部屋から出られず、食事もできないしんべヱを助けるため、くノ一のユキ、トモミ、シゲがやって来た。

学園長先生とヘムヘムが寝ている庵（いおり）。そこへ忍術学園の秘伝書を狙って怪しい人影が・・・。物音に気づき追いかけたヘムヘム。ところが取り逃がしてしまった。それを知った学園長先生。自分が起きなかったのはヘムヘムの鳴き方のせいだと言い出した。

学園長先生に「ワン、と鳴けるまで絶交だ！」といわれたヘムヘムは、裏山で練習をしていた。ところが、「ヘムヘム」という鳴き方を教えたのは学園長先生だったのだ。それを知った乱太郎（らんたろう）たちは、納得できず学園長先生の所へやって来た。

雪が降り始めた裏山で遭難してしまった学園長先生。そこで山田（やまだ）先生を隊長に大捜索隊が結成された。ところが吹雪の中を進むうち、乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱは、山田先生たちとはぐれてしまった。そのとき、怪しげな声が・・・。

追われている山賊（さんぞく）が、忍術学園に逃げ込んできた。山本（やまもと）先生と食堂のおばちゃんにお仕置きされた山賊。それでも出て行かない。そこで土井（どい）先生の発案で一年は組は、「山賊のやっつけ方」を実習することになった。

学園長先生の思いつきで特別試験を受けることになった乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。「試験に受からなければ落第させる！」と言われ、心配になった土井（どい）先生は、 試験の内容を三人に暗記させようと考えた。