1話〜10話

第1話

忍術学園入学の段

くノ一教室はおそろしいの段

第2話

変な忍者の段

学園長の思いつきの段

第3話

消えたしんべヱの段

謎の分身忍者の段

第4話

楽しいゴールデンウィークの段

しんべヱ疑われるの段

第5話

剣豪・花房牧之介の段

一番偉いのは誰の段

第6話

くノ一教室に潜入せよの段

しんべヱがいないの段

第7話

忍びの天才の段

盗賊退治の段

第8話

武道大会の段

麗しき友情の段

第9話

密使・新九郎の段

ナメコ城へ走れの段

第10話

泳げない海賊の段

恋の病の段

初回放送　1993年4月10日（土）〜6月12日（土）

11話〜20話

第11話

山田先生狙われるの段

合同授業の段

第12話

キノコ山縦断訓練の段

再び剣豪・花房牧之介の段

第13話

父の敵の段

夏休みがなくなるの段

第14話

学園長の掛け軸の段

神様のお告げの段

第15話

マイタケ城の殿の段

食糧を奪え！の段

第16話

第三協栄丸の船の段

ひえた八方斎の段

第17話

しんべヱのごめんの段

いろいろな秋の段

第18話

悩める人々の段

名刀極楽丸の段

第19話

消えた茶わんの段

新出茂橋郎の屋敷の段

第20話

すぐれた弟の段

幻のマツタケの段

初回放送　1993年6月19日（土）〜8月21日（土）

21話〜30話

第21話

夏休みボケの段

噂の転校生の段

第22話

天才丸と秀才丸の段

秋風が身にしみるの段

第23話

ジュンコとジュンイチの段

風林火山の段

第24話

宝のツボの段

ドケチ失敗の段

第25話

忍たま助太刀の段

学園長のお汁粉の段

第26話

危険な遠足の段

山賊兄弟の段

第27話

内気な忍者の段

イライラ忍者の段

第28話

ただのドケチじゃないの段

学園長のワラ人形の段

第29話

一年は組を守れ！の段

困ったきり丸の段

第30話

盗まれた表札の段

表札の秘密の段

初回放送　1993年8月28日（土）〜10月30日（土）

31話〜40話

第31話

お姫さまは？の段

山賊アルバイトの段

第32話

黒こげパン蔵の段

たたみの切れはしの段

第33話

母ちゃん学園に来るの段

父ちゃん出世するの段

第34話

床下の毒薬の段

きりちゃん失敗の段

第35話

手裏剣コンクールの段

燃えるメニューの段

第36話

ニセ金だ！の段

犯人は誰？の段

第37話

きりちゃんアルバイトの段

きりちゃんドケチの段

第38話

ツヨーイしんべヱの段

一番えらいのは？の段

落第忍者の段

第39話

盗まれた鉄砲の段

対決！ドクタケ城の段

第40話

忍たま追試の段

金魚やーい！の段

初回放送　1993年11月6日（土）〜1994年1月15日（土）

41話〜47話

第41話

食堂取られた！の段

温泉だあ！の段

第42話

ヘムヘムがいない！の段

ヘムヘムを返せ！の段

第43話

ソーセージへ！の段

二年生に勝つ！の段

第44話

メチャ強い盗賊団の段

弱点をさがせ！の段

第45話

おなかがイッパイ！の段

心を鬼に！の段

第46話

おばちゃん風邪をひく！の段

きり丸大モウケの段

第47話

先生になりたいの段

美しい日の出の段

初回放送　1994年1月22日（土）〜3月19日（土）